为更好治理水环境质量,各级政府以各级行政区域为考核对象,以行政区重要流域的主要污染物浓度增加为考核内容,开展相关考核工作。然而随着扣缴制度的深入开展,当前扣缴制度的不足逐渐凸显:扣缴基数偏低导致部分重污染河段水质未见明显改善,传统评价方法不能有效改善多因子同时污染的现状,考核等级划分相对粗略,共界断面扣缴方式“一刀切”,以及考核流域未实现“无缝连接”。针对现有问题,本研究对现行制度进行系统梳理,通过对当前使用较多的几种资金核算方法的比较分析,以各地实际开展工作为依托,从水质变化趋势、主要污染指标识别、主要污染河段识别、扣缴资金年际变化趋势、空间分布特征等方面多角度研究,提出了以“情景应对法”和一维水质模型为基础进行资金核算方式的优化研究,以及跨界水质资金扣缴工作的断面优化的基本原则。在此基础上,以成都市岷江、沱江流域主要河道跨界断面水质超标资金扣缴工作为例,进行了多情景测算,并对各种情景以历史数据为基础进行结果推算,选择了最严厉的核算方式。同时对部分考核断面结合一维水质模型进行了更细化的核算方式初步探索。结合四川省新的断面设置情况和成都市黑臭河渠的治理成果,运用跨界水质资金扣缴工作的断面优化的基本原则,加入对已治理黑臭河渠和重点饮用水源地上游水质考核,扩大考核河流范围,增加考核断面数量,强化考核河段的连续性,从而优化了当前断面的设置问题。研究表明,新的扣缴方案,扩大了考核流域,优化了争议考核断面,提升扣缴系数,严格核算方法,从而更科学有效地通过考核方案促使各行政区域主动治理水环境,加强主管部门对成都市水环境的管控能力。同时,为各级别行政区建立水质跨界断面超标资金扣缴工作在断面设置和金额计算两方面初步提出了较为系统性的原则方法。