南方红豆杉(Taxuschinensisvar.mairei(LemeeetLevl.)ChangetL.K.Fu)是我国特有的一种古老植物，属红豆杉科(Taxaceae)红豆杉属(Taxus)，为国家一级珍贵保护树种。由于近年来环境日益恶化和人为破坏，南方红豆杉的生存面临巨大危机。 本论文采集了分布于广东、广西、湖南、湖北、福建、浙江、江西、安徽、重庆9个省(市)22个种群339个南方红豆杉个体，以白豆杉作为外类群进行研究，探讨了该物种的遗传多样性和种群分化状况。通过使用PCR扩增并测定339个个体的叶绿体trnL-trnF基因间隔序列，利用生物信息学软件进行了种群遗传结构和分子系统发育地理分析。 结果表明：(1)南方红豆杉总体呈现出较低的遗传多样性水平。其遗传多样性分布于种群内的比例高达85.43％，种群间分化及地区间分化不明显。虽然南方红豆杉的基因流大部分在1.0以上，有明显的基因交流或迁移的迹象，但是考虑其实际情况，我们认为这并不表示南方红豆杉的现存种群在地区间可以实现高效的基因流，可能只是反映了南方红豆杉历史上的扩张或迁移事件，而湖南和广西的三个种群却产生明显的基因流隔离和变异，其中环境影响可能起最重要作用。(2)由UPGMA树及最小生成网图的结果，结合南方红豆杉各地区的遗传多样性高低，认为南方红豆杉的扩散过程发生在历史上较早的时期。 南方红豆杉种群分布比较集中和个体数量少，鉴于这种濒危小居群的结构特点，我们认为在保护过程中，防止近交和远交衰退十分重要，要特别注意基因流在评估种群生长状况中的作用，对基因流剧烈的波动要进行谨慎的评估。