在当今知识经济一体化的时代中，区域创新作为区域经济发展的重要驱动力，越来越受到社会广泛的关注。区域创新绩效的高低，体现了区域创新投入和产出在区域创新平台和机制上的发展水平，是评判一个区域创新是否有效的关键性因素。区域创新绩效评价也是作为今后优化构建区域创新体系，提升区域创新能力提供了重要的参考和依据。为此，研究区域创新绩效评价内涵，建立科学的评价模型，寻找合理的评价方法，构建区域创新绩效评价体系，提升创新资源配置水平和管理层次，对促进区域经济发展有着重要的意义。　　本文首先对区域创新系统及其运行机制和区域创新绩效的相关文献进行梳理和总结，从区域创新的研究进展、研究视角等方面对区域创新绩效评价研究的必要性和可行性做出阐述。其次，本人对区域创新系统的相关理论进行了概述，结合国家创新系统理论、现代区域发展理论和新产业区理论对区域创新系统的构成要素和运行原理进行了阐述。第三，结合区域创新绩效评价的文献综述和相关理论的梳理，构建了区域创新绩效评价的基本研究方法，通过对各种评价思路和方法的比较提出了本文以因子分析法和超效率DEA的评价模型。结合四川省21个地市州的实际情况构建区域创新投入产出的指标评价体系，通过运算得到四川省21个地市州的创新投入和产出的基本情况，并进一步通过超效率DEA分析评价了各个地区的创新绩效。第四，通过实证分析的结论，对四川省21个地市州的区域创新绩效进行了总体的排名一以及结论分析，并根据分析结果提出相应的对策和建议。