企业登记注册，是我国市场准入的核心环节，是行政审批(许可)制度的重要组成部分，也是行政许可法规范的重要行政行为。现行企业登记制度在法律体系、审查制度、登记体制、审批登记制度、退出机制等方面存在诸多问题，改革成为当务之急。许可法确立的基本原则也应该成为企业登记制度改革的原则；许可法对企业登记在登记依据、登记机关承担的职责、登记机关在登记程序上承担的责任提出了新的要求。企业登记制度改革应该从完善自身和适应许可法要求两方面结合确定改革的方向。笔者认为改革应该分两步走。首先，应该按照依法行政和高效行政的要求，从提高效率和加强规范两个角度解决诸如理顺企业登记机关外部审批程序、内部审批程序和完善监督和责任制度等急需解决的问题。然后应该明确下一步企业登记制度改革的方向，使现在的工作逐步向着正确的方向努力。笔者认为，实现企业主体资格和经营资格分离、降低市场准入门槛、统一登记立法、完善企业登记配套制度应该是改革的大方向。笔者的基本观点是政府对自身职能的选择直接影响对企业登记功能的选择，随着政府职能的转变，企业登记功能应该集中到确认企业主体资格和信息公示两项功能上，在立法的价值选择上应该逐步向效率倾斜。