中国的宗教是个未发育的三色市场。对基督教来说,体制内的教会是红色市场,体制外的非建制教会是灰色市场,而异端、极端则是黑色市场。近来年基督教发展迅速,非建制教会群体也在增长。如何对这部分信徒进行有效管理是具有现实意义的课题。本文采用规范分析方法结合行政管理与宗教学的相关理论,研究政府对当代中国基督教非建制教会的管理问题。本文认为,政府对基督教非建制教会的管理按照中国社会转型可以分为改革开放以前时期和改革开放以后时期。建国初期,中国共产党作为革命后政党面临着革命大众的高期望值、社会的高度组织化、革命后社会出现的文化断层与精神失重感以及革命惯性的后遗症与高度意识形态化。随着历史局势的变化与宗教政策的日益左倾,政府采用政治统治方式管理非建制教会,两者没有实现良性互动。改革开放后,随着保护公民宗教信仰自由政策的落实,政府管理非建制教会日益法制化、理性化,其直接结果就是信徒人数的增多与身份认同的变化;但政府对非建制教会的管理还存在一些问题,如管理行为欠规范、管理体制未理顺、管理渠道不畅通、管理方式待改进以及未能妥善解决非建制教会的登记问题。存在这些问题的原因包括政府与非建制教会在政权与神权以及聚会的权利等方面认识上的分歧、法律制度的不完善、公民社会的缺席以及非建制教会当中出现的一些倾向。社会转型期,现代化、全球化促使政治、宗教世俗化、信仰私人化、信仰选择多元化,需要新的措施完善政府对非建制教会的管理,需要建设公共服务型政府,政府要转变职能。本文为社会转型期完善政府对非建制教会的管理提出了一些建议,包括加强对宗教基本理论特别是基督教的研究与理解、增进对非建制教会群体的宽容、制定宗教基本法、完善宗教管理体制、规范政府行政行为、改善非建制教会的内部管理、改变政府管理模式、妥善解决非建制教会登记问题等。