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黑麂（Crinifrons muntiacus）是中国特有的珍稀濒危鹿科动物,现仅分布于皖南、浙西以及与之接壤的江西和福建的局部山区。由于栖息地的片断化和丧失,种群分布范围和数量逐步缩小,已被列为国家一级保护的珍稀濒危动物,IUCN将其定为易危种,并被载入CITES附录Ⅰ。本文利用两种不同遗传模式的分子标记——线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）和核DNA微卫星（short tandem repeats.STRs）,进行了黑麂的保护遗传学研究。期望本文的研究结果,能为制定这一珍稀濒危动物的保护策略提供科学依据。主要研究结果如下: 1.黑麂线粒体控制区序列全长919bp—925bp,控制区长度具有个体间和个体内的异质性。引起序列长度变异的主要原因,是其控制区3’端存在异质性结构:T1-3C8-11。经比较分析,推测这一结构可能是麂属动物控制区特有的。黑麂控制区5’端不存在重复序列。 2.野生种群（n=47）在长424bp的mtDN片断中,共检测到22个变异位点,定义了18个单倍型。单倍型之间的序列差异变化范围为0.2—2.9%,平均序列差异为1.3%,单倍型多样性（h）与核苷酸多样性（π）分别为0.913和0.00867。单倍型多样性与其它鹿类动物相比,属于中等偏高的范围,而核苷酸多样性则明显的低于其它鹿类动物。在3个子种群中,遂昌种群两个多样性指数均最高,黄山种群和天目山种群单倍型多样性相仿。较高的序列同源性和较低的线粒体DNA核苷酸多样性,提示历史上黑麂雌性的有效种群比较小。 3.圈养种群（n=18）在长424bp的DNA片断中,仅检测到3个变异位点,表现出了极低的遗传多样性,其单倍型多样性（h）和核苷酸多样性（π）分别为0.569和0.0015。根据检测到的3个变异位点定义了3个单倍型,表明圈养种群中存在3个母系,印证了该种群建群时,只有3只奠基者母鹿的事实,同时表明,这3只母鹿对该圈养种群都产生了遗传贡献。然而,这3个单倍型的基因频率,存在着显著的差异,表明该种群经过近20年的发展,等位基因频率发生了显著的偏斜,3个奠基者母鹿,对后代的遗传贡献率,存在着显著的差异。