商业企业是我国国民经济的重要组成部分，随着商业企业逐渐从劳动密集型向技术密集型转变，使商品流通业面临着一场经营管理思想和管理手段上的变革。因此，建立在真实数据基础之上的科学现代管理，将会使商业企业在市场竞争中发挥至关重要的作用。本文针对商业企业在业务和组织方面的特点和问题，定义了基于GE矩阵和BCG矩阵的商业企业业务结构诊断体系和基于DEA法的商业企业组织绩效诊断体系，用定性和定量相结合的方法解决商业企业业务和组织评价的问题，编写了这些方法的计算机应用程序，为实现商业企业计算机辅助诊断分析打下了坚实的基础。论文主要阐述的内容是：(1)对商业企业在业务和组织运营方面的特点和存在问题进行分析，并对企业业务和组织评价方面的规律性进行相关的认识和总结；针对商业企业业务运营的特点和实际问题的需要，建立以GE矩阵和BCG矩阵为基础的商业企业业务结构定量评价模型；并通过对南宁市某书店教辅图书的业务诊断与分析案例，根据教辅图书的基本数据绘制出GE和BCG矩阵，确定了企业业务诊断方案。再以数据包络分析法(DEA)为基础，结合价值工程法，构建商业企业组织诊断模型，并对广西某超市部门组织效率进行诊断分析，给出了DEA-Excel计算机程序运算的结果。(2)吸收相关理论成果建立了具有评价指标全面、评价范围广泛以及评价过程简单等特点的商业企业业务和组织的评价模型，同时由于价值工程、模糊数学等理论的引入，使得该诊断体系进行计算机辅助分析成为可能，为开发相关软件提供了理论依据。(3)建立了商业企业的评价体系，通过价值工程和价值链分析法将业务诊断和组织诊断功能相结合，采用层次分析法(AHP)、DEA法、德尔斐法等，构建具有商业特色的企业指标体系，根据模型数据分析采取相应的管理策略，可使管理者面对复杂的管理实践有一个清晰的思路。同时在诊断过程中，采用计算机程序进行辅助评价，为今后开发综合型管理诊断分析系统作初步探索。论文的主要结构为：第一部分介绍了我国商业企业的现状及对其进行业务和组织诊断的重要性；第二部分论证了商业企业业务和组织诊断研究的必要性和可行性，论述其诊断评价体系的结构分析；第三部分介绍了商业企业业务诊断体系建立的步骤及基本思路；第四部分论述了商业企业组织诊断体系的评价内容，介绍了组织诊断模型的构成思路；第五部分是对本研究内容的总结和展望。