明治政府在成立之初就颁布了一系列宗教政策，最引人注目的就是推行祭政一致、神道国教化，以往的“国教”——佛教则在“废佛毁释”运动中受到极大打击。不同于以上两个宗教的地位大变换，明治政府对基督教的政策则无丝毫改变，依旧是沿袭幕府时代的基督教禁教政策。颁布禁教高札不久，幕末遗留下的基督教问题迅速以浦上基督徒事件的形式爆发出来。明治政府在处理上坚决贯彻了镇压打击的方针，对浦上基督徒实行了两次流放。尤其是第二次对浦上村的总流放规模更是超过了3000人之多。对此欧美诸国进行了持续强烈的抗议，然而采取对外和亲政策的明治政府面对外国的抗议却坚持基督教禁教与对基督徒的处分。这种行为正是在政府首脑的旧有基督教邪教观、神道国教主义以及当时国内客观形势——攘夷论者不稳动向的综合影响之下所做出的必然选择。在欧美诸国持续不断的抗议下，明治政府对基督徒的处置开始向宽容的方向发展，基督教禁教也逐渐向缓和方向发展。明治四年随着反政府运动镇压的成功与废藩置县的完成，明治政府中央集权得到加强。神道国教化也在神祗官的降格、神祗省的撤除以及以教化活动为主的教导职取代宣教使这一系列政策中受到挫折。明治政府基督教政策转换的开始——伊万里事件的处理与基督徒改宗者的释放正是在以上的条件下所展开的。岩仓使节团的出访更是让明治政府认识到基督教问题对外交的重大影响，出于外交政策的考虑，对基督教政策的改变也已经是不可避免。最终，明治六年，以使节们的建言为契机，政府撤除了基督教禁教高札，日本在表面上实现了基督教的“解禁”。