中国经济的高速增长以及工业化、城市化的推进，加上供水和处理设施的投入不足，导致了广泛的水体污染。水资源作为一种公共资源，政府有责任保障它的安全供给。由于水资源具有流动性、跨区域的特点，单个区域内的地方政府难以解决整个流域内的污染问题。面对跨界水污染问题，没有一个地方可以独善其身。跨界水污染是我国当前水资源危机中的严重问题之一，长期的流域污染治理并没有改善流域整体的水质，跨行政区的水污染冲突日益激化。跨界水污染凸显出流域管理与行政区管理体制间的矛盾，这就必然要求我们通过构建一个强有力的区域地方政府合作机制，依靠政府间的合作积极推动区域跨界水污染的治理。本文以协同治理的理论视角对跨界水污染治理进行研究，首先对中国流域污染的治理现状进行了研究，对我国跨界水污染的影响因素进行了分析。然后运用相关理论，对区域合作治理中存在的问题、合作治理水环境应遵循的原则及合作机制的基本构成等进行了探讨。良好的水污染治理合作机制包括规划和管理的综合决策机制，联合监测和执法机制，责任追究机制和监督机制等。最后，本文提出了完善我国流域跨界环境协作机制的构想,以便调整流域利益相关者的关系，促进流域环境保护和经济建设的协调发展。