【摘 要】
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脊椎动物视网膜是研究中枢神经系统发育和功能的经典模型。神经系统发育伴随复杂的基因调控,其中长链非编码RNA(lncRNA)与中枢神经系统的发育及功能密切相关。现阶段关于视网
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脊椎动物视网膜是研究中枢神经系统发育和功能的经典模型。神经系统发育伴随复杂的基因调控,其中长链非编码RNA(lncRNA)与中枢神经系统的发育及功能密切相关。现阶段关于视网膜组织的研究以其物理结构和相关疾病为主,出生前后视网膜感光系统相关的分子机制差异尚不清楚。本研究利用转录组测序手段,以猪为动物模型,获得出生前(胎儿,母猪妊娠114 d)和出生后2 d两个不同时间点仔猪视网膜组织的基因表达变化,试图探讨出生前后哺乳动物视网膜感光系统的分子遗传机制,主要结果如下:(1)收集出生前和出生后视网膜组织共5个样本,RNA转录组测序后共产生59.69G的原始数据(raw data),通过与参考基因组比对,平均77.9%的clean reads可以比对(map)到猪的参考基因组上;(2)5个测序文库共鉴定出25,323个蛋白编码基因转录本和15,428个lncRNA转录本,且鉴定出的lncRNAs蛋白编码潜能、外显子个数和总体表达量(FPKM值)均显著低于蛋白编码基因;(3)通过差异分析,共得到99个差异表达的蛋白编码基因和317个差异表达的lncRNA,其中BMPER作为表达变化差异最大的5个蛋白编码基因之一,可能在出生后视网膜的发育过程中发挥重要作用;(4)出生前后视网膜组织中均高表达的lncRNAs,其功能与光感受器内段、光刺激的感觉知觉以及背腹轴的形成相关;(5)出生前后视网膜差异表达的lncRNAs主要参与突触功能及视网膜发育,例如,lncRNA TU69849和lncRNA TU20386出生后均低表达;(6)出生前后视网膜差异表达的miRNAs功能预测表明,miR-26a-5p可能通过调控RANBP9影响出生前后仔猪视网膜的发育。
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