21世纪，世界步入了知识经济时代，高等教育也逐步从社会的边缘走向了中心地带。国家及社会日益重视高等教育的发展，对其投入也逐年增加。而随着国家教育事业的快速发展，高校管理从粗放型向集约型转变，管理者关注的焦点从资金的多少变为资金使用的好坏，如何保障专项资金的使用效率，以及通过专项资金项目建设实现学校发展战略，加强专项资金的绩效性审计显得非常关键。　　 与国外绩效审计相比，我国绩效审计起步较晚，发展也落后于国外。绩效审计理论研究与实践经验不足，且融合不够，尚需进一步完善和提高。由于高校专项资金具有独立，强、目的明确等特点，成为进行高校绩效审计理论研究和实践的最佳突破口。　　 本文通过对绩效审计理论研究和发展历程进行深入剖析，在借鉴前人的研究成果和国内外实践经验基础上，探索有中国特色的高校绩效审计程序和方法，并遵循绩效审计评价指标体系构建的依据和原则，借鉴BSC思想的战略目标分解法，结合我国国情和高校专项资金绩效评价内容的特殊性，从内部管理、效率、效益和学习与成长四个维度构建了一个基于BSC的高校专项资金绩效评价指标体系，然后通过对A大学生物流变学与基因调控新技术科技创新平台项目的绩效审计实例进行案例分析，指出此次绩效审计的经验和不足，并对其后续审计状况进行说明，最后对我国绩效审计的发展提出了一些积极的建议。　　 如何开展专项资金绩效审计工作是当前各级审计机关、审计人员普遍重视的课题。希望通过本文的研究和分析，为我国构建科学完善的高校专项资金绩效审计评价指标体系提供参考，为高校专项资金绩效审计工作的顺利开展提供方法借鉴和技术参考，为政府和教育投资者对教育的正确投资提供依据。此外，通过对高校专项资金绩效审计的研究也可为其他绩效审计提供方法上的借鉴。因此，本文具有一定的理论价值和实践指导意义。