近些年来发生了很多重大公司的丑闻案，比如安然事件、银广夏事件，乃至2011年曝光的奥林巴斯巨额财务亏损丑闻等等，这些都在一定程度上反映了公司治理机制的缺失和内部控制机制的不完善。我国企业尤其是上市公司在公司治理和内部控制方面存在的问题，主要表现为在公司治理还不健全的情况下，内部控制弱化，关键人凌驾于内控之上，管理层串通舞弊等时有发生。内部控制存在缺陷的企业一般都在企业管理上较为薄弱，缺乏健全有效的公司治理结构，因此可以判断出我国企业内部控制失效的部分原因在于企业缺乏完善、健全的公司治理结构，内部控制的有效执行和作用的发挥离不开公司治理。理清公司治理与内部控制的本质联系并建立、健全公司治理结构和内部控制体系是保持企业活力的关键所在。以往学者对于公司治理和内部控制的研究主要集中于主板市场和中小板市场，本文则选取了创业板上市公司作为研究对象，这主要是考虑到创业板市场作为一个新兴股票市场，门槛低、风险大且监管严格，创业板上市公司的高风险性对公司治理和内部控制提出了更高的要求，对这些公司进行研究更具有紧迫性和现实意义。而且本文以2010年五部委联合发布的《企业内部控制配套指引》为契机，选取内部控制缺陷作为评价内部控制的指标，来研究公司治理中的哪些不合理因素会导致内部控制缺陷，并有针对性的提出了对策建议，以完善我国创业板上市公司治理结构，提高内部控制的有效性。