菘蓝Isatis indigotica fort．为十字花科菘蓝属Isatis植物。《中国药典》2005年版规定：菘蓝的干燥根作〖板蓝根〗入药；菘蓝的干燥叶作〖大青叶〗入药。全国多数地区均有栽培和使用。马蓝Baphicacanthus cusia（Nees）Bremek．为爵床科板蓝属（Baphicacanthus）植物。马蓝的根茎及根在我国华东（福建、江西）、华南和西南等许多南方地区分别作板蓝根来应用。为了区别，《中国药典》自1995版起将马蓝的根作为一个新增中药品种单独收载于〖南板蓝根〗项下。为了阐明菘蓝根（板蓝根）和马蓝根（南板蓝根）的化学成分，并对菘蓝和马蓝2种植物的药用部位进行比较，本论文对菘蓝根和马蓝根的化学成分进行了系统地提取、分离和鉴定，并对菘蓝和马蓝的药用部位进行了高效液相色谱法指纹图谱研究，同时还对菘蓝和马蓝药用部位进行了性状、显微结构特征等形态组织学研究。采用硅胶柱色谱、低压柱色谱、Sephadex LH-20等方法进行分离，共分离得到26个化合物。通过（采用）¹H-NMR、¹³C-MNR、¹H-¹H COSY、HSQC、HMBC和DEPT等1D和2D-NMR谱等波谱测试技术结合化学方法，鉴定了19个化合物。从菘蓝根分离鉴定了10个化合物，从马蓝根中分离鉴定了9个化合物。通过对菘蓝根化学成分研究，分离并鉴定的化合物类型有：甾醇类化合物，甾醇苷类化合物，吲哚类生物碱，有机酸类化合物和双糖。它们分别为：1-甲氧基-3-乙酸基吲哚、胡萝卜苷、腺苷、棕榈酸、β-谷甾醇、16-甲基-十七烷酸、靛蓝、靛玉红、蔗糖、十五烷酸。其中1-甲氧基-3-乙酸基吲哚为首次从菘蓝分离并得到鉴定的化合物。通过对马蓝根化学成分研究，分离并鉴定的化合物类型有：甾醇类化合物，五环三萜类化合物，吲哚类生物碱，苯乙烷糖苷类化合物和双糖。它们分别是豆甾醇-3-O-β-D-葡萄糖苷、菠甾醇-3-O-β-D-葡萄糖苷、羽扇豆醇、[2-（3，4-二羟苯乙基）]-30-α-L-鼠李糖基-（1→4）-（4-O-咖啡酰）-β-D-吡喃葡萄糖苷、靛蓝、靛玉红、蔗糖、腺苷、β-谷甾醇。其中豆甾醇-3-O-β-D-葡萄糖苷和菠甾醇-3-O-β-D-葡萄糖苷为首次从马蓝分离并得到鉴定。本论文还利用HPLC对菘蓝根和菘蓝叶的指纹图谱进行了研究。在确立了适宜的色谱测定条件基础上，通过对精密度、稳定性、重现性等方法学考察，表明所建立的菘蓝根和菘蓝叶指纹图谱测定方法符合中药指纹图谱的技术要求，可用于菘蓝根和菘蓝叶的指纹图谱的测定。对不同产地和来源的菘蓝根和菘蓝叶进行了指纹图谱测定，确定了12个共有指纹峰，并进行了指纹图谱相似度比较，对相似度评价指标夹角余弦、相关系数进行了测算，结果显示不同产地和来源的菘蓝根和菘蓝叶药材质量有所不同。将菘蓝与马蓝药用部位的指纹图谱进行了比较，结果表明差异较大，相似度低于0.6。通过对菘蓝和马蓝药用部位的性状和显微结构等形态组织学研究，结果提示2种药用植物形状特征、显微结构完全不相同，分别属于不同科属，亲缘关系较远。本论文通过对菘蓝和马蓝药用部位的化学成分、指纹图谱以及药材形态组织学（性状显微结构）等方面的研究结果显示，菘蓝和马蓝是完全不同2种药用植物，尽管药用功效、药理作用有相似之处，但化学成分差异较大，在临床中应该区别使用，不可将二药混淆。