在区域经济一体化浪潮中，祖国大陆在东亚地区已经签订了四份自由贸易协定，分别是与香港和澳门签署的CEPA、与东盟签订的FTA（CAFTA）、与台湾地区签订的ECFA。在世界经济低迷的时期，唯有东亚地区经济表现依旧良好。由于两岸经贸关系受政策影响较大，因而在此新背景下，两岸产业合作的重点将有所不同。本文立足东亚区域分工角度，详述了两岸产业合作的重点及台湾参与东亚区域合作的途径。笔者首先详细论述了东亚区域分工格局，认为近年来大陆在东亚经济中的地位有所提高，加上CAFTA与ECFA对东亚区域分工的影响，传统的“雁行模式”分工格局有改变的趋势，但大体上看大陆与台湾所处分工地位并没有发生太大变化，依然处于较低端分工位置。接下来本文细述了两岸产业合作的历史、现状和趋势，认为在两岸经贸合作逐渐从民间层次上升为官方层次，慢慢走上制度性协商道路之时，两岸深层次的产业合作势在必行。之后本文探讨了新形势下台湾参与东亚合作的问题，认为在WTO框架下通过法律方式让台湾融入CAFTA不可行，要想得到CAFTA的实惠，台湾只有利用CAFTA原产地原则在大陆增加投资。最后本文从产业链理论角度出发对两岸产业合作提出了三点建议，即目前两岸合作要重点放在研发、物流与终端销售三个环节，研发重在两岸产业规划中的新兴产业融合，物流合作重在航运整合，终端销售合作重在共同开拓大陆市场、建立品牌进军世界市场。