随着国内互联网基础建设的迅速发展，网络安全的逐渐完善以及消费者消费观念的改变，电子商务这种新的商业运营模式正在高速发展的阶段，越来越多的制造企业意识到网络销售的力量，开辟了网络直销渠道运用电子商务向最终用户销售产品。相比传统零售渠道，网络直销渠道有其独特的竞争优势，对传统零售渠道带来了一定的冲击。因此，电子商务环境下渠道冲突与协调问题越来越成为研究的热点。　　对零售商而言，在面对激烈的渠道竞争时，为了生存和寻求更大的利润空间，要不断加强自身竞争力，除了制定最优的零售价外，还必须在运输、仓储等物流成本上寻找突破口，加强在物流系统上的投资，包括改进物流运作模式，建设和优化物流信息系统等，从而减少物流成本，增强盈利能力;对制造商而言，作为供应链中的主导者，一方面要缓解渠道之间的冲突，促进渠道间和谐共存，另一方面与零售商物流信息系统无缝链接能提高自身在零售渠道的利润，实现双赢，因此有必要采取一定的补偿激励机制对零售商在物流系统建设上提供资金补偿和技术支持。　　在综述前人研究的基础上，本文基于物流投资补偿研究分析了电子商务环境下双渠道供应链中制造商和零售商的最优策略问题，构建了Stackelberg博弈模型，首先分析不考虑物流成本的情况下，市场需求受零售价、直销价及网络交易成本等价格因素的影响，对于供应链双方的最优决策定价及最大利润;接着引入边际物流成本变量，考虑物流成本对供应链双方决策值和利润的影响情况；之后，本文再进一步拓展模型，考虑零售商进行物流系统投资以降低物流成本，并且制造商对零售商实施补偿激励，重点分析补偿激励前后制造商和零售商最优决策值的对比及利润值的变化，本文在模型分析的过程中采用了定量分析与算例仿真相结合的手段，证明了补偿激励机制实现了制造商和零售商双方收益的Pareto改进，而且提高了消费者的福利。