赋予大学更多的自主权和行动自由，令大学自主，这是当前各国政府对公立大学改革所采取的一种共同的做法。从内容上看，这似乎是对大学作为一种学术性组织其所固有的理念和逻辑——学术自由、大学自治的观照，理应得到大学的回应与共鸣。但就实质而言，当下的大学自主是以节源增效为主旨的政府分权在高等教育领域的推进和演绎；是“自主管理”的分权策略对大学组织的适用和定位；是新公共管理理论的市场隐喻对公共部门改革的具体体现。政府分权的市场取向决定了大学自主的市场本位，它与传统意义上基于学术的大学自主某种程度上存在着内在的冲突，甚至是以对学术自由的损害为代价。因而，分权下的大学自主其合法性和有效性不时受到了人们的质疑。 改革开放以来，随着中国政府的机构改革和职能转变，政府对高等教育的管理方式也发生了改变，由集权走向分权。尽管在分权方面所采取的具体策略可能与一些发达国家不尽相同，但有关研究表明：二者仍然存在着范式上的一致性。换言之，中国的高等教育也经历了分权化和市场化的洗礼。在这个过程中，政府的角色发生了改变，教育权力发生了转移，市场介入和政府淡出的现象也开始在中国教育领域浮现。而中国大学自主权问题就是在这一教育权力转移的过程中凸现出来的。肇始于1998年的新一轮政府分权改革的市场取向决定了现阶段大学自主的市场本位。所以，如果以全球为视野，可以得出这样的结论：中国的大学自主与发达国家在价值取向方面具有一致性，而且，在具体的制度设计方面与发达国家也具有惊人的相似性。 市场本位的分权对大学发展产生了全方位的影响，使大学的组织特征、办学理念、权力运行模式、自由和责任的设定，以及对教师和学生的定位等方面都充斥着市场逻辑和企业文化，市场正以前所未有的势头型塑着大学组织，传统的集权式中央政府控制在一定程度上被市场调控取代。这在一定意义上对现代大学的灵魂和根基——学术自由和大学自治进行了价值限定，并形成了一定的冲击，现代大学组织的合法性正从组织的内部慢慢地转移到组织的外部。 由于受到特定的国情、制度、文化等因素的制约，中国大学发展具有与其他发达国家(尤其是欧美西方发达国家)不同的路径。一般来说，发达国家大学都拥有学术自由、大学自治的美誉和传统。但中国大学在这方面则表现出明显的“先天缺失”和“后天发育不足”，中国高等教育基本上走的是自上而下的路线。尤其是建国以后，“学术自由，大学自治”已经成为思想和语言禁区。因此，具有普适性的市场取向分权对学术性不彰的中国大学的冲击，又是具体的，甚至是致命的。 要走出市场取向分权给中国大学发展所带来的困境，真正落实中国大学的办学自主权，毫无疑问，其关键还在政府，政府分权仍是大学自主的必要条件。而如何从新的理论向度出发，用治理理论超越和整合市场取向大学自主的源头——新公共管理理论，重塑政府和大学的角色定位，重理政府与大学的关系，重构大学自主的价值基础，进而使合作、共治、平衡成为治理中大学自主的价值选择，并据此作出具体的制度安排，则是消解市场取向大学自主的负面效应，提升中国大学的学术自主性，落实中国大学自主权的出路所在。