随着安然事件、银广厦事件、奥林巴斯重大财务亏损案件的不断曝光，这些重大会计案件都在一定程度上揭露了很多公司存在缺失的、不完善的内部控制机制以及公司治理机制。一般认为，公司在管理上越薄弱，公司治理结构越不健全，甚至失效，其存在内控缺陷的可能性越大。所以，我们可以推断得出公司治理结构的合理化有助于内部控制的有效建立和执行。公司缺乏全面、合理的公司治理布局是导致内部控制失效的一个很重要的原因。因此，弄清公司治理和内部控制之间的本质联系是必不可少的，这是由于公司的治理结构的完善和内部控制体系的健全是维持公司生命力的重要方面。在内部控制缺陷自愿披露阶段，一些学者已经依据未经审计过的自我评价报告等资料探究过公司治理特征与内控缺陷披露的关系。然而在内部控制强制性披露阶段且自我评价报告在强制审计并披露的背景下，公司治理特征与内控缺陷披露的关系如何？这个问题迫切需要实证结果来支持，想要通过发现缺陷来改进公司治理结构并最终达到加强内部控制有效性的目的。本文运用2012年主板A股披露内控审计报告的上市公司的自评报告和内控审计报告等资料，选取董事会的独立性、董事会规模、两职合一、第一大股东持股比例作为内部治理结构变量，选取内控审计报告的审计师质量、外部审计师是否变更作为外部治理因素，以内部控制缺陷披露作为被解释变量，提出假设，建立多元线性回归模型，采用描述性统计分析、相关性分析、LOGISTIC回归分析进行了实证研究，结果表明：第一大持股比例、两职合一、内控审计报告的审计师质量、审计师变更与内控缺陷披露显著正相关，董事会的独立性与内控缺陷披露负相关。最后,本文针对数据研究结论提出了相应的完善公司治理结构和加强上市公司内部控制缺陷披露的相关建议。