本文进行了以过氧化物酶体增殖剂激活受体γ(PPARγ)、SARS冠状病毒(SARS-CoV)3CL蛋白酶和人亲环素A(CypA)为靶标的计算机辅助药物设计，得到了一批对上述靶标有较好活性的化合物。 　　本文对SARS-CoVS蛋白S1b片断和血小板活化因子受体(PAFR)进行了分子模拟。SARS-CoVS蛋白在病毒结合和进入宿主细胞的过程中起关键作用，它也是SARS-CoV的主要抗原决定部位。对SARS-CoVS蛋白的研究有助于了解病毒感染的机制和过程，进而有助于抗SARS药物的设计和疫苗的开发。 本文模建了S蛋白中包含受体结合位点和主要抗原决定部位的S1b片断(残基251～641)，并构建了它与受体ACE2的复合物结构。PAFR是一个具有七次跨膜螺旋的G蛋白偶联受体(GPCR)，它与过敏、炎症和哮喘等许多疾病有关，是一个重要的药物作用靶标。但由于实验技术上的困难，PAFR的结构一直没有被测定。 本文以牛视紫红质晶体结构为模板、采用蛋白同源模建法构建了PAFR的三维结构，为进行PAFR抑制剂的设计提供了结构基础；然后运用分子对接的方法构建了PAFR/PAF和PAFR/GB的复合物结构，有助于我们更好地了解PAFR与其配体的相互作用；最后我们运用分子动力学方法揭示了PAFR可能的激活和抑制机制，有助于更好地进行PAFR抑制剂的设计。