行政体制改革是我国经济社会发展的基本要求和必然趋势，党的十八届三中全会强调：“进一步简政放权，深化行政审批制度改革”，在2014年3月的全国两会上，李克强总理的政府工作报告中明确要求，全年继续下放和取消200项行政审批事项，进一步体现了中央大力推进改革的决心。工商行政审批制度改革，作为政府简政放权的重要切入点，一直以来都在探索着革新之道。2013年9月29日，上海自贸区的横空出世给亟待改革的工商行政审批制度提供了大刀阔斧的绝佳舞台。“负面清单”、“先照后证”、“一元公司”等等概念让公众对自贸区的前景充满期待，而“宽进严管”也让工商行政管理部门给自己出了一个大难题。本文将通过分析原有工商行政审批制度的缺陷和不足，对比深圳登记制度改革和国外商事登记制度的成功经验，结合上海自贸区的实际运行情况，研究我国深化工商行政审批制度改革的难点，探索如何进一步推动政府这一“看得见的手”对市场经济又好又准的把控。本文共分为四部分：第一部分为导言，第二部分：工商行政审批制度概览，简要介绍我国工商行政审批制度的理论基础、演变历史、改革背景以及现行制度所存在的不足和缺陷；第三部分：上海自贸区对现行工商行政审批制度的挑战，结合上海自贸区工商行政审批制度改革的实际运行情况，讨论“先照后证”、“负面清单”等创新制度的利弊和下一步可能面临的挑战；第四部分：上海自贸区发展导向下的工商行政审批制度创新研究，通过研究上海自贸区内实行政策的政策导向，对下一步全国工商行政审批制度改革提出一些参考意见，为使我国工商行政审批制度能更加适应时代发展的需要，献计献策。