书院是元代士人重要的活动中心。书院在元代的繁盛发展除了官方的政策扶持之外,也离不开士人群体的参与。元代士人与书院的关系在一定程度上反映了当时的政治生态、士人的生存状况、教育学术以及民族融合等方面的状况。以士人为切入点来考察元代书院,可以呈现元代士人在政治经济、学术传播、文化教育和社会教化方面的状态和追求。南宋中后期士人在书院内部发起的打造新型士人意识的运动在宋元之际的士人群体中影响如何,宋元之际与书院有着密切关系的士人的命运如何,这是元代书院研究中一个重要问题。明道书院是南宋后期著名的讲学式书院,留下了较为完整的山长讲学记录,透过这些记录我们可以窥见当时士人精神世界的一角,以及理学家们及其信徒利用书院讲学来打造和传播新型士人意识的方式。三位山长:胡崇、周应合和吴坚作为理学信徒兼传播者在改朝换代的大变局中,或为遗民或为降臣,其不同选择,反映了宋元之际士人群体在不同环境下的际遇。元初的江南士人不乏心怀故国,讲学于山林者,遗民现象大体上只存在了一代人左右的时间。他们的后代则奉元朝为正朔,有些以儒户制度和书院为依托维系其家族在文化教育上的优势地位。待到元朝重开科举后,这些士人通过科举,成为统治阶层的重要组成部分。在这种转变发生的同时,士人家族的某些传统也得到了延续。江南士人方逢辰以遗民之身讲学于石峡书院,拒绝元朝的征召。到其子方梁这一代则与元朝官员合作,重建石峡书院并通过捐田的方式担任书院山长。待到其曾孙方道叡时,得益于方氏家族文化教育精英地位的传承,他顺利通过参加科举考试,成为元朝官员,并在元亡后为前朝守节。方氏家族的这种转变和传承在江南士人家族中具有典型性。家族书院是元代书院的重要形态,书院的官学化使得书院的创设和发展牢牢地为政府所掌控,家族书院的普遍出现则反映了文化教育进一步下移的趋势。在众多的家族书院中,有些书院并未囿于官学化和家族类型的藩篱,而是在某些士人群体的引领下,成为具有相当影响力的学术中心,并为元代中后期整个学术趋向的转变创造了条件。如元代徽州地区的士人胡炳文、陈栎、汪炎昶等依托明经书院为基地,通过注解四书五经,发起书院会讲,定期举办考试等方式,使明经书院成为东南地区重要的学术中心,也让“唯朱是宗”在相当长时间内成为该地区的主流学术理念。赵汸、郑玉和朱升等后辈学者,则通过早年师从书院中的学术大师和学成后利用书院作为讲学基地的方式,纠正前辈学者“唯朱是宗”的弊端,成为元代中后期“和会朱陆”的代表。元代的书院在一定程度上成为蒙汉及其他族群间融合的象征,不同族群的士人参与到书院建设中来,反映了元代的多族群士人圈现象。如:蒙古军功世家子弟千奴、苏实台创建书院不仅自身完成了从赳赳武夫到士人的转变,并获得皇帝的褒赞,对其后代也产生了深远影响。蒙古、色目官员丑的和巙巙出于职守和士人文化的感召,即使在元末战火之中仍积极主持杭州西湖书院的重建。退休蒙古官员达可则以一人之力,在四川地区创立三所书院,并为石室书院购书三十余万卷,创造了宋元时期书院藏书数量之最,这一事迹受到当时汉族士人的赞颂。书院是元代士人重要的活动中心之一,元人文集中有相当数量的文字同书院有关。这些有关书院和山长的记载,不仅在一定程度上反映了元代书院发展的状况,也记录了当时士人对书院和山长的观察和思考,是了解元代书院状况的直接材料。吴澄、虞集和黄溍是元代不同时期士人的代表,通过对这三人文集中有关书院文字的梳理可以展示元代士人眼中的书院与山长的状况,这也是了解元代士人与书院关系的一个重要方面。总之,在元代书院官学化的大背景下,士人对书院的经营虽然没有从整体上扭转元代书院的某些弊端,但作为书院活动的主体,他们推动了文化教育的进一步传播和下移,学术的传承与创新,促进了民族融合并对书院的发展状况作了观察和反思,为明清士绅阶层的出现作了准备,也促进了元代书院的繁盛。