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该研究对广东省番禺和五山两地种植的水稻内生真菌、内生放线菌进行分离、鉴定和比较分析.结果表明两地水稻内生真菌的优势菌群为镰刀菌(Fusarium sp.).同一地区从感病品种和生长不良水稻植株中分离出内生真菌种类相对丰富.水稻根和茎叶中分离出内生真菌的种类有差异,叶片中内生真菌的多样性高于根部,一些内生真菌的分布呈现出器官特异性.通过平板对峙试验,发现分离到的内生真菌中有41.2％表现出不同程度的抗水稻病原菌活性,其中镰刀菌(Fusarium sp.)的比例达到55.4%,构成了具有颉抗活性内生真菌中最大的群体.水稻内生放线菌多属于链霉菌属(Streptomyces sp.),其中灰褐类群链霉菌(S.griseofuscus)的分离频率最高为35.1%~69%,是水稻植株中的优势内生放线菌类群.研究了内生放线菌在水稻植株各器官中的分布.使用优势内生放线菌类群(S.griseofuscus)代表菌株回接水稻无菌组培幼苗根部,培养后取幼苗经过表面消毒后再次分离,在水稻根内、茎基部、叶片中都大量分离到该种内生菌.对实验中分离到的有代表性内生放线菌菌株进行16S rDNA分子鉴定,结果表明所分离鉴定的菌株全部属于链霉菌属,与根据形态学鉴定结果基本一致.为分离到的内生放线菌菌株从分子水平上明确了归属.使用不依赖于培养的方法对水稻内生放线菌类群多样性进行了研究,结果检测到一大批不可培养或者不易培养的内生放线菌,其多样性远远超过了分离培养方法得出的结果.