自由贸易是国际发展的趋势,美国、德国、新加坡等发达国家都设立了自由贸易区,这类特殊区域已经成为了区域经济一体化的主要形式之一。我国为了顺应世界经济形势的变化,在现有保税区、综合保税区等4类海关特殊监管区域基础上,建立了上海自由贸易试验区,进一步推动完善开放型经济体制机制。在当今法治社会的条件下,完善的法律制度是科学合理监管的基础。海关作为国家进出关境监督管理部门,是上海自由贸易试验区在监管方面的一个必不可少的重要行政机构。本文首先对自由贸易区的概念、类型以及我国自由贸易区建设的探索实践进行追溯,系统阐述了我国各类海关特殊监管区域的功能及海关监管的理论基础和作用。再结合上海自由贸易试验区的功能定位,阐述了当前海关监管的现状,并重点分析了目前上海自由贸易试验区海关监管制度存在的法制建设不健全、监管模式较落后、制度创新不足等问题,对改革创新进行理性思考,针对存在的问题,借鉴国外的成功经验,最终对上海自由贸易试验区海关监管制度提出一些可行的对策和目标,以完善海关监管工作。本文提出的对策和建议具有一定的现实实践意义和参考价值。