流式细胞仪作为一种高科技综合分析仪器已经在多个研究领域中实现了广泛的应用。传统流式细胞仪中主要采用空间光路的方式进行相关光学信号的产生、收集以及分析,这种方式会带来例如:所需空间体积大,设备修缮成本高、调节过于复杂等问题。本文针对上述流式细胞仪使用空间光路所面临的问题,采用光纤进行了针对性改进。光纤是一种体积微小的光传输器件,其具有抵抗电磁干扰、耐高温等优点。首先利用光纤熔接机放电法制备弧形光纤端面再结合圆柱透镜实现了光纤耦合激光光束的准直整形,然后利用光束追迹的仿真方法进行了理论验证,并利用光纤的光束传导理论设计了一套全光纤的流式细胞仪光束收集光路。最后将光纤耦合激光光源运用到了流式细胞仪中。结合设计的光纤光路,制作了用于放置光纤的光纤放置平台,利用488纳米和635纳米两种不同波长的激光光源进行了流式细胞实验,对所设计的全光纤光路以及光纤耦合激光光源准直方法进行了验证。实验结果显示,光纤耦合激光光源在通过该方法进行准直之后,能作为流式细胞仪光源使用。依据设计的光纤收集光路以及光源整形方法,设计了一款微流控芯片,该微流控芯片鞘液流和待测样品入口间的夹角为四十五度。利用有限元分析法对微流控芯片进行了仿真验证。