“民以食为天,食以安为先”,食品安全关系到千家万户。随着国民经济的发展、人民生活水平的提高及我国食用菌产业的不断壮大,人们对食用菌产品的口感和品质要求也越来越高,并开始更多的关注其营养和安全问题。对食用菌产品中有害物质含量控制及食用菌栽培过程中杂菌污染等影响食用菌产业链上下游安全的关键因素的研究,对提高食用菌产品品质及食用安全性至关重要。本研究首先以食用菌下游生产企业中涉及食用菌产品品质和安全性的杂菌污染问题为切入点,分别以一家大型斑玉蕈生产企业在3个不同省市产地发生污染的培养基质、菌种和子实体样品为材料,结合菌落形态特征、分子测序及显微染色观察等方法对分离到的病原微生物进行分离鉴定,并通过平板对峙实验分析了病原菌对斑玉蕈菌丝生长的影响。从样品中共分离得到了11株可疑病原微生物,包括10株细菌和1株真菌,分属于为3个科7个属。其中肠杆菌科(Enterobacteriaceae)为优势科,芽胞菌属(Bacillus)为优势属,其中2株细菌可能分别为芽胞杆菌属和肠杆菌属(Enterobacter)新种。平板对峙实验结果显示7株细菌和1株真菌对相应宿主斑玉蕈菌丝的生长有明显的抑制作用,系统发育树分析发现5株分离到的枯草芽胞杆菌及其近缘种组成的分支独立于芽胞杆菌属的其它典型种组成的分支之外。结合生产实际,提出培养料的灭菌和出菇管理环节是斑玉蕈栽培中预防病害的2个关键控制点。同时,以香菇为材料,对影响食用菌产品安全中有害物质含量的上游遗传机制进行分析。跟踪检测香菇生长过程中内源性甲醛的含量变化,应用RT-qPCR对前期工作中得到的5个Csl基因表达量进行检测,并对香菇含硫化合物伴生甲醛途径中的关键酶C-S lyase进行了研究。结果发现香菇子实体发育过程中甲醛含量和Csl基因表达都呈现先上升后下降的变化趋势。除已发现的Csl1最可能在香菇含硫化合物伴生甲醛的生物合成途径中发挥催化功能外,Csl2基因为本研究首次发现可能具有催化活性。除此之外,本研究也首次对得到的5个CSL蛋白进行异源表达,摸索了香菇C-S lyase体外催化反应的HPLC检测条件,并尝试对异源表达的蛋白进行体外催化反应。本论文研究结果将对加强相关食用菌产品的安全生产和上下游产业链管理方面提供理论参考,为斑玉蕈及其他食用菌工厂化生产过程中的污染防控提供借鉴,并为开发分子标记辅助检测食用菌品质相关代谢产物的方法奠定一定的科学基础。