近年来两岸经贸投资往来愈来愈频繁，为了避免台商由于不了解两岸所得税法的差异，以至于误陷税务纷争中，而导致投资失利，因此本文将大陆外资企业适用的外商投资企业及外国企业所得税与台湾地区所得税法中的企业所得税相比较。先从立法沿革开始比较说明，再进一步对于租税主体、租税客体等租税架构项目，进行分析说明；继而再针对与课税所得额有直接相关影响的项目如收入、成本、费用及营业外收支之确认等项目分别比较说明，然后再对与课税所得额有重大影响的资产评价项目分析说明，最后再对攸关纳税义务人权益中最重要的租税优惠等方面进行详细的比较分析及汇总；另外也对两岸税法中差异较大的两税合一制度及台湾地区最新立法的转移订价规定加以介绍说明，以便作为台商赴大陆投资或者未来大陆来台湾地区投资决策的参考。本文研究重点是以台湾所得税法及其施行细则与大陆之外商投资企业及外国企业所得税法及其实施细则为基础，其它相关法律规定为辅，加以作者本身的实务经验来分析比较两岸所得税法法的异同。其中由于两岸所得税法的立法方式不同，经比较后，发现台湾地区大部份税制较符合国际潮流，税赋亦较公平。而大陆人民则由于企业所得税法改制时间较短，因而导致纳税意识薄弱，故其租税处罚较台湾地区严厉；但由于大陆在近期持续参考世界潮流用以修正相关企业所得税法规定，因此在转移订价方面的法律规定较台湾地区先进，但对企业未分配盈余的课税方式，则台湾地区较为符合潮流。 本文结论则分别针对两岸税务机关、投资人及后续研究者提出建议。对大陆之建议包括：为促使税赋公平及符合加入世界贸易组织规定，内、外资企业所得税应尽速统一；为使税法的执行更公平合理，应严格实施税制法制化；为避免税收减少及配合政策推行，应改变租税优惠方式；为鼓励纳税义务人诚实申报，应采激励自新制度；并应尽速与台湾地区签订有关租税协议，以使两岸开创双赢局面等。对台湾方面的建议包括：应取消未分配盈余加征10％企业所得税的规定，以降低稽征成本；为避免造成纳税义务人的负担，拟建议将综合所得税及企业所得税分别立法；并应在税法中制定退税期限，以保障纳税义务人的权益；将相关税务资料予以电子化，以便于纳税义务人查询；为鼓励投资，应实施再投资退税；为避免税收损失，应定期检讨有关的租税奖励措施等。对投资人的建议方面：投资人应谨守法律规定，勿存侥幸心理；争取享受租税优惠，或将企业设于符合租税奖励的特区；确实了解成本、费用及损失的确认标准；采取有效及合法的方法延长减免税期间等。对后续研究者的建议方面：应针对大陆未来即将统一的内外资企业所得税与台湾地区企业所得税相比较；实地访谈赴大陆投资的台商成功与失败之案例，将其汇总整理，并加以分析，以作为日后台商赴大陆投资的借鉴与参考。