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蛋白质、脂肪、脂肪酸是大豆的主要品质性状,对其进行品种改良意义重大;分子标记辅助育种将基因型与表型相结合,具备准确、定向、短周期、低成本的特点,推动了聚合育种的发展、应用。本研究以中黄13（轮回亲本）×东山69（供体亲本）、中黄13（轮回亲本）×中黄20（供体亲本）的高代回交导入系群体为材料,利用近红外分析法、气相色谱法分析高代回交群体蛋白质、脂肪及5种脂肪酸主要组分含量,采用多态性SSR引物结合完备区间作图法构建遗传连锁图谱、定位蛋白质、脂肪、脂肪酸等主要品质性状QTL,为大豆分子育种提供依据,主要研究结果如下:1.高代回交群体品质性状和农艺性状表型分析亲本中黄13与东山69、中黄20在蛋白质、脂肪及5种脂肪酸组分含量等品质性状和主要农艺性状上均存在差异,其中,蛋白质含量、脂肪含量、百粒重、株高的差异较大;中黄13×东山69和中黄13×中黄20高代回交群体BC2F7、BC2F8的7个品质性状蛋白质、脂肪、硬脂酸、棕榈酸、亚油酸、油酸和亚麻酸及6个农艺性状有效分枝、主茎节数、单株荚数、底荚高度、株高、百粒重均存在着广泛的遗传变异和不同程度的超亲分离,7个品质性状含量均呈近正态分布,群体适合用于进行品质性状的QTL定位。两个高代回交群体主要品质性状和农艺性状在家系、年份间差异显著,说明品质性状和农艺性状是受基因和环境共同影响的数量性状;蛋白质、脂肪及5种脂肪酸组分在年份间显著性差异基本一致,差异显著性为:多不饱和脂肪酸>单不饱和脂肪酸>蛋白质>脂肪。两个高代回交群体BC2F7、BC2F8的品质、农艺性状之间存在着稳定的相关关系。蛋白质与脂肪、棕榈酸呈显著负相关;脂肪与亚油酸、油酸呈显著正相关,与硬脂酸呈显著负相关;棕榈酸与硬脂酸呈显著正相关,与油酸呈显著负相关;硬脂酸与油酸、亚油酸呈显著负相关;油酸与亚油酸、亚麻酸呈极显著负相关。百粒重与蛋白质、油酸呈显著正相关,与脂肪、棕榈酸、亚油酸呈显著负相关,为间接选择提供依据。2.蛋白质含量、脂肪含量及脂肪酸含量QTL中黄13×东山69和中黄13×中黄20扩大前后4个群体共定位到130个品质性状相关的QTL;中黄13×东山69和中黄13×中黄20群体及扩大后群体分别定位到22、21、34、53个品质性状相关的QTL,其中,与蛋白质、脂肪、硬脂酸、棕榈酸、亚油酸、油酸和亚麻酸含量相关的QTL分别为17、17、27、22、16、23、8个。在不同年份、不同群体重复定位到17对品质性状QTL,其中,新定位到8对品质性状QTL。年份间重复检测到Satt651～Satt045与棕榈酸含量相关,表型贡献率最高为9.70%,为棕榈酸含量相对主效QTL;Sat＿076～Satt305、Satt433～Sat＿238与油酸含量相关,表型贡献率最高分别为24.13%、18.05%,为油酸含量主效QTL;Satt323～Sat＿258与油酸含量相关,表型贡献率最高7.56%,是油酸含量的微效QTL。在不同群体中被检测到Satt228～Satt525、Sat＿318～Satt478、Satt543～Satt672分别与蛋白质、油酸、亚油酸含量相关,表型贡献率最高为10.75%、11.39%、18.05%,均为品质性状相对主效QTL;Satt155～Satt211同时与蛋白质、脂肪含量相关,且表型贡献率均在12.00%以上,为相对主效QTL,说明蛋白质、脂肪在合成代谢中相互关联。重复定位到的品质性状QTL位点稳定存在并且表型贡献率较高,为大豆品质性状的分子标记辅助育种提供了新的参考依据。