刑事诉讼法新的修正案在2012年3月通过,其中确立了公诉案件的刑事和解制度。让人遗憾的是知识产权单位犯罪并没有在刑事和解制度适用范围内。关于知识产权犯罪的保护制度虽然在我国已经初步建立起来,但理论界一直找不到一个有效的方式对知识产权犯罪的各种追诉模式之间的转换衔接问题进行解决。同时,我国刑法对于知识产权犯罪的保护落后于时代发展的需求,因为被害人的地位一直不受重视,这就导致很多被害人的权益得不到有效保护。随着中国社会的快速转型,知识产权犯罪案件急剧增多,积案率不断上升,诉讼效率得不到保障。再加上,知识产权单位犯罪案件呈现如下特性:第一案件的争议具有私益性,知识产权从根本上说是一种私权,所以案件争议首先保护的应该是一种私益。第二,单位被告人为人格化组织,其诉讼特征与自然人被告人不一样。第三,刑事争议解决方案的多元性,知识产权单位犯罪案件在法律保护的力度上不同于其他财产类型的犯罪案件。贯彻刑法的谦抑性原则对寻求知识产权单位犯罪案件刑事争议的解决方案具有十分重大且积极的现实意义。基于以上的案件特征,为了同时实现打击、威慑犯罪分子遏制犯罪与合理保护、弥补被害人损失这两方面的目的利益,我们需要寻求两者之间的平衡。而刑事和解制度恰恰可以在处理知识产权单位犯罪时,从刑事诉讼程序上平衡这两方面的目的利益,促使这两方面目的利益的共同实现。引入刑事和解制度去处理知识产权单位犯罪案件,能够让知识产权的保护更加具有适度性,也能够更好的去保障双方当事人的权益,对于双方来说都是一种双赢的结果。总的来说,知识产权单位犯罪案件刑事和解制度的构建,原始当事人理论、公权力的有限代理理论、目的刑教育刑理论为制度的构建提供了必要的理论基础;“和合”的传统思想,“无讼”的价值理念为制度的构建提供了深厚的思想文化基础;双方当事人的和解意愿是制度运行充足的动力保障;刑事诉讼法新确立的公诉案件刑事和解程序为制度构建提供了行之有效的制度模板。构建知识产权单位犯罪案件刑事和解制度是对我国已有的刑事和解制度的延伸和扩展,具有十分重大的意义。