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为了研究水稻分化愈伤组织特异基因和玉米杂种一代特异表达基因,利用抑制消减杂交法(SSH)建立了水稻分化愈伤组织对愈伤组织的差减文库及玉米杂种一代和亲本的差减文库。将差减文库中的克隆测序,并输入到GenBank数据库中进行同源搜索,发现水稻SSH文库中大多数EST均来自在水稻生长与发育中起重要作用的调控基因,包括RNase L inhibitor、FCA protein、转录因子如SWI/SNF转录因子,涉及蛋白质和RNA周转的调节蛋白等;玉米SSH文库的EST大多数来自叶片专一性表达基因,涉及光合作用与碳素代谢,也有不少EST来自编码与mRNA加工,蛋白质周转,细胞结构蛋白等相关的基因。采用DIG-High Prime分别标记9311、Nippobare、Nippobare/9311及珍汕97A、珍汕97B、明恢63、汕优63的cDNA,分别与水稻(223个)及玉米(190个)的EST作点杂交,比较不同EST在水稻杂种和亲本之间的差异表达,结果发现:在223个水稻EST中籼籼杂种共检测到22个差异EST,占9.9%,籼粳杂种中检测到33个差异EST,占14.8%;在190个玉米EST中,籼籼杂种检测到18个差异EST,占9.5%,在籼粳杂种中检测到25个EST,占13.2%;说明亲缘关系越远,杂种一代中差异表达基因成员越多。利用SSH分离得到的片段,分别克隆了水稻RNase L inhibitor(rice-RLI)和rFCA基因的全长cDNA,并对它们的基因组序列及功能进行了初步研究。RLI基因在调节mRNA代谢中发挥着重要作用。利用RACE方法获得rice-RLI基因全长cDNA,长1812bp,编码604个氨基酸多肽,同源性搜索发现rice-RLI与拟南芥、人类、鼠的RLI具有较高的同源性(70%-78%),它含有许多RLI特异的保守功能域,如P-loop、ATP结合区和iron-sulfur结合基序等。荧光定量PCR分析表明rice-RLI是组成型表达基因;盐处理和低温处理会提高rice-RLI基因的表达水平,用IAA和NAA处理,rice-RLI基因的表达量则降低。在拟南芥中,FCA基因具有控制植物花期转换的作用。通过筛选SSH文库并结合RACE技术,在水稻中克隆到了FCA的同源基因rFCA。RT-PCR分析发现rFCA在水稻叶片组织中存在4种可变剪接cDNA序列,分别命名为rFCA-1、rFCA-2、rFCA-3和rFCA-4。同源性搜索显示rFCA-1编码蛋白与拟南芥FCA-gamma具有较高的同源性,Conserved Domain Search分析表明rFCA-1、rFCA-3和rFCA-4编码的蛋白均具有FCA-gamma的保守功能域(RNA<WP=5>结合区和WW-domain),但是rFCA-3和rFCA-4缺少5’端富含Glycine的区域的101个氨基酸,而rFCA-2编码的蛋白缺少WW-domain。荧光定量PCR发现,在4种rFCA的可变剪接中rFCA-1的相对含量最高;rFCA-1在分化愈伤组织中的表达明显强于在愈伤组织中的表达;在不同品种的叶片组织中,rFCA-1的表达量变化不大;在珍汕97B的第一次枝梗原基分化期的幼穗中,rFCA-1表达水平增加,而在雌雄蕊原基分化期的幼穗中,rFCA-1表达水平则急剧下降。运用细菌双杂交系统未能得到rFCA-1的互作蛋白。