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本研究建立了一种适于DNA指纹分析的提取干红菇基因组DNA的方法,即在传统的CTAB法上去除使用CTAB/Nacl及CTAB沉淀液沉淀DNA等步骤,防止DNA在提取过程中过度降解。同时本实验通过选择与优化鲜红菇的DNA提取方法,认为传统的CTAB法提取的鲜红菇基因组DNA纯度好、浓度较高、DNA片段完整性好,可以满足测序、DNA指纹分析的要求。为了明确初步判断为仿野生栽培长出来的NPRG1、NPGR2、NPGR3红菇的种质来源,本实验对采自南平建瓯市的NPTR1、NPTR2、NPTR3、NPRG1、NPRG2、NPRG3鲜红菇子实体样本进行ITS测序分析及SRAP,ISSR,RAPD多态性分析。结果表明,NPRG1、NPRG2和NPRG3红菇存在多态性,它们不是仿野生栽培长出来的红菇。同时NPRG1与NPRG2为同一红菇品种的不同个体。NPTR1和NPTR3红菇为相同红菇种的不同个体,并且与广西红菇(Russulasp.)的亲缘关系很近。NPTR1红菇和NPTR2红菇的遗传相异系数为0.0000,可能为同一菌丝长出的两朵红菇。为了初步探明福建省红菇主产地的种质遗传多样性,本实验对来自福建省龙岩市、莆田、宁德、南平各红菇主产地的商品红菇进行了ITS测序分析及SRAP,ISSR,RAPD多态性分析。结果表明,本实验研究的福建省商品红菇可以分为5类。第Ⅰ类包括南平的NPTR1和NPTR3,莆田的PT、长汀的CT1,与广西红菇(Russula sp.)登录号为FJ614011、FJ614014、FJ614015为同一品种,说明这类红菇除在福建的南平、莆田、龙岩有分布外,在广西也有分布,但未在云南发现。第Ⅱ类包括龙岩的LY1和LY2,古田的GT1,为福建正红菇。第Ⅲ类包括市场上购买的红菇据店家说是来自古田的GT2和南平的NP,它们与云南大渡岗的红菇(Russula sp.)登录号为FJ613988和FJ613991的亲缘关系较近。第Ⅳ类包括南平的NPRG1与NPRG2,它们与Ⅰ类、Ⅱ类的遗传距离较远,可能为福建省特有的红菇品种。第Ⅴ类为南平的NPRG3和龙岩长汀的CT2。