福建省与江西省两省虽然分别属于东部地区和中部地区，但由于地缘相近、人缘相亲、山水相连、友好往来和区域经济合作源远流长，加上海峡西岸经济区域发展战略的实施和交通运输条件的改善，以及两省的产业发展各有特色，互补性较强，具有很好的合作前景，但是由于行政人为分隔带来产业协调的诸多矛盾，不能充分利用跨区域产业分工协作的优势。因此，研究闽赣跨区域产业关联和协调问题，具有重要的实际意义。本文在论述了跨区域产业协调的相关理论和各国内外跨区域产业协调经验的基础上，首先研究了闽赣两省产业发展现状及两省产业结构的趋同问题。接着，分析了闽赣跨区域产业协调的有利条件和存在的问题。然后，引入了跨区域投入产出模型对传统的投入产出表进行了简化，将传统的投入产出表中的42个部门按产业的性质整合成8大产业，解决了数据繁琐计量的难题，利用跨区域投入产出模型，分析了闽赣两省各大产业的波及效果和跨区域产业关联度，并由实证结果得出闽赣两省在协调跨区域产业发展时优先选择发展的4大主导产业。最后，根据上述研究和分析结果，提出了跨区域产业结构协调、跨区域生产要素流动及跨区域协调机制完善对策。