当前,我国经济正面临从高速增长转向高质量发展,中央稳步推进金融供给侧结构性改革和资本市场改革,其中尤其要重视并补齐的短板就是民营企业、中小企业的融资缺口大的问题。新三板旨在为中小企业提供融资服务,但近两年来出现融资额下降、挂牌公司减少等现象。2019年10月,证监会正式启动新三板全面深化改革,设立精选层,改革发行、交易、投资者适当性等市场基础制度,提升市场融资功能,改善流动性,充分发挥新三板服务创新型中小企业的作用。本文研究在新三板深化改革的背景下,私募股权投资(PE)促进新三板企业经营绩效与创新能力的实际作用,以及不同的参与程度、特征背景对企业产生的不同影响。本文以2016-2018年在新三板创新层挂牌的企业为研究样本,通过实证分析发现PE参与投资和较高的持股比例对新三板企业的资产收益率有显著负向作用;而PE参与投资和联合投资能够显著提升企业的技术投入比率,促进研发和创新;PE是否具有国资背景对于新三板企业经营和创新没有显著影响。最后,本文提出了相应的建议。对于PE,应优化投资结构,提高投后管理水平,支持民营PE发展,完善信息披露机制;对于新三板创新层企业,应加快研发成果转化,打造核心竞争力;对于新三板深化改革,应做好改革意义宣传工作,强调精选层企业质量,并正视与科创板的重叠问题,促进多层次资本市场体系互联互通。综上,实现新三板和PE行业互相促进发展。