医药制造业作为高技术产业之一，技术创新是其生命的源泉，是企业盈利的不竭动力。现阶段，我国医药制造业还处于发展阶段，研发资金以及研发人员都是稀缺资源，创新效率低、创新能力差己成为当前制约我国医药制造业发展的重要瓶颈。如何使我国逐步由医药制造生产大国转变为以技术创新为依托的医药产业技术强国，已成为现代我国医药制造业需要研究和解决的重要课题。京津冀地区是继我国长江三角洲、珠江三角洲之后的沿海第三大经济圈，京津冀地区的发展对该地区、环渤海区域、乃至我国经济的发展都有着重要的战略影响，因此，研究京津冀医药产业技术创新差异问题，提高京津冀医药产业的技术创新能力对中国医药产业乃至中国经济都有深远的影响。本文主要通过采用非参数Kruskal-Wallis检验的方法对京津冀医药产业的技术创新差异进行评价，通过对三个地区十年间的技术创新指标的横向比较，发现他们在技术创新模式上并无差别，主要的差异体现在技术创新效率以及技术创新产出上，对于差异形成的原因，我们从制度、中介结构、知识基础等三方面对差异形成的原因进行了详细的分析，进而为京津冀医药产业技术创新以及产业升级指出方向。