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蛙科动物(Ranidae)是两栖动物无尾目(Anura)下新蛙亚目(Neobatrachia)中一个物种数量繁多的大科。对于蛙科的系统关系存在争议，蛙科内属的关系也未得到很好的解决。这是因为大部分研究采取的分子遗传标记数据较少，所以系统发生关系差异明显。本研究测得了花臭蛙（Odorrana schmackeri）的线粒体基因组全序列后，联合NCBI网站发布的现有的蛙科动物的线粒体全序列构建系统发生树，以期为蛙科的系统发生关系提供更多证据。 本研究根据Oligo7.0软件设计出能扩增出花臭蛙（Odorrana schmackeri）线粒体全序列的17对引物，然后采用PCR及LA-PCR方法扩增序列并进行测序。得出花臭蛙线粒体基因组全序列长为18610bp，包含36个基因，分别为2个rRNAs基因、13个蛋白编码基因、21个tRNAs（缺少tRNA-His），还有一个控制区外加几个非编码空隙。通过跟石川臭蛙控制区对比，花臭蛙控制区终止相关序列区(TAS)的序列为:TATACTATGTATAATCATCATTAATCTATATAGTT;保守区(CSB):三个短的序列框CSB-1 (TAAATGAATGCTCGAATGACATA)，CSB-2 (TACCCCCCCCCTTTACCCCC)，CSB-3 (CCTTAAAACCCCCCCCGA);没有识别到中央保守区(CD)。在花臭蛙控制区5和3两端分别找出长为468 bp、195 bp的两个串联重复序列VNTRs1和VNTRs2，5端的VNTRs1为62 bp，重复6次:5-ATATAGATATAGGTACTATATCATACTATGTATAATCACCATTAATCTATATGGTTACATTC-3，而在3端发现了15 bp长的重复13次的VNTRs2:5-TAGATATACCTATAA-3。花臭蛙线粒体基因排列方式跟新蛙亚目的基本一致，除了花臭蛙的线粒体基因组中缺失tRNA His，推测tRNA His在线粒体中的消失是直接丢失或是转移到了细胞核中。 本文选择了15个属共70种蛙科动物，外加蟾蜍科的两种蟾蜍隐耳蟾蜍(Bufo cryptotympanicus)和史氏蟾蜍（Bufo stejnegeri）作外群，构建了基于线粒体全序列的系统发生树。结果显示:系统发生树高度支持将文中选取的70种蛙类动物分为两个进化枝:分支A和分支B。分支A包括倭蛙属、棘蛙属、大头蛙属、虎纹蛙属（Hoplobatrachus）、陆蛙属（Fejervarya）和水栖蛙属(Euphlyctis)6个属。分支B由湍蛙属(Amolops)、侧褶蛙属（Pelophylax）、拇棘蛙属（Babina）、臭蛙属（Odorrana）、蛙属(Rana)、腺蛙属（Glandirana）、水蛙属（Hylarana）七个属组成。所以分支A和分支B分别代表叉舌蛙亚科和蛙亚科。另外，跟大部分研究结果不同的是，圆舌浮蛙（Occidozyga martensii）聚到了叉舌蛙亚科和蛙亚科之外。从系统发生关系看，支持将叉舌蛙亚科和蛙亚科两个亚科升级为两个科:叉舌蛙科和蛙科。 新蛙亚目有区别于典型脊椎动物的特定线粒体基因排列方式，但新蛙亚目中常常发生线粒体基因重排现象。在选取的物种中，重排的方式主要有:控制区下游的LTPF基因簇、NDII和COI之间的WANCY基因簇、tRNA His和ND5的易位及tRNA Met和控制区CR的复制等。线粒体基因重排跟系统发生树分类基本一致。进化枝B中虎纹蛙属和六趾蛙都复制了另一个CR，并且ND5基因位移到了复制的CR区下游，从而拥有两个控制区;而在系统发生树中，虎纹蛙属和六趾蛙聚合在一起，说明基因重排能反映出系统关系。所以在系统发生关系研究中，可以将线粒体基因的重排作为探究系统发生的一个有力的分子标记。