经济全球化的迅速发展，掀起了我国资本运作的高潮，与此同时，资本市场的飞速扩张推动了企业价值评估理论与实务的发展，使得股东权益价值评估备受关注。近些年，我国逐步建立起了包括主板、中小板、创业板和新三板等市场在内的多层次资本市场体系。其中新三板是专门面向高成长的科技型、创新型非上市股份公司进行股权挂牌转让和定向增发融资的交易平台，对于规模小、风险大、融资难、成长快的中小科技型企业具有重要意义。新三板的推出为资本市场的不同层次之间搭建了连接的枢纽。因此，正确认识和评估新三板企业的股权价值是进行投资决策的前提。由于我国股权价值的评估领域缺乏系统科学的理论指导，导致我国股权价值评估无论在理论上还是在实践上都相对滞后，与西方发达国家相比存在着较大的差距。我国暂不具备国外先进研究成果所需的环境要求及资本市场氛围，再加上我国新三板市场建立的时间尚短、根基尚浅，导致研究新三板企业股权价值评估变得越来越重要。正是在这一背景下，本文在对案例公司BY公司的经营状况、财务状况和未来战略对策的分析及比较各种常用评估模型优缺点和适用性的基础上，确定了将同时采用收益法和资产基础法来评估BY公司股东全部权益价值，并在收益法中选用了两阶段法的股权自由现金流量折现模型。本文综合比较了收益法和资产基础法评估所得的结果，结合BY公司的实际经营情况和新三板企业高风险、高成长性的特征，认为收益法评估的适用性及准确性较资产基础法要高，由此确定了收益法所得的评估结果为BY公司的股东全部权益价值，并通过BY公司评估基准日后的定向增发活动验证了本案所得的评估结果。最后，本文从三个方面分析了运用收益法评估BY公司股东全部股权价值出现大幅增值的原因，并分析了本次估值过程中存在的问题及进一步研究方向，以求对我国新三板企业股权价值评估理论和实践有所启发和帮助，为广大投资者进行投资、新三板企业并购重组和定向增发、创投企业项目选择等提供资产评估上的帮助。