以苏州地区医家为主体的吴门医派是中医流派中地域性流派的代表,为中医学的发展做出了巨大贡献。吴门医家众多,著作颇丰,学术流派纷呈。本论文重点讨论吴门医家对“医经学派”、“伤寒学派”、“河间学派”、“易水学派”、“温病学派”的继承和发扬,梳理学术思想起源和传承脉络,阐发其学术主张和学术思想在地域范围内的发展应用与创新历程,旨在进一步诠释吴门医派的学术思想。医经学派是以中医基础理论为主要研究内容的学术流派,吴门医家中代表人物有徐师曾、沈承之、顾靖远、薛雪、徐大椿、周孝垓、陆懋修、许盥孚、陈景岐等医家,笔者通过总结医家的学术思想,梳理医经学派的传承脉络,认为吴门医家在完善补充医经理论和为其他医学流派提供理论基础等方面取得了重大成就。伤寒学派是以专门研究或发挥《伤寒论》,阐发外感病的辨证论治规律为主要研究内容的学术流派,吴门医家中代表人物有戈维城、喻昌、张璐、汪琥、王子接、钱潢、周扬俊、尤怡、徐大椿、王丙、陆懋修、张泰等。笔者通过总结医家的学术思想,梳理伤寒学派的传承脉络,认为吴门医家在立三纲鼎立之说；创经典伤寒之论；丰富伤寒证治,融杂病、温病于伤寒；补充《伤寒论》辨证论治思想等方面取得重大成就。河间学派是以阐发火热病机及辨证为主要研究内容的学术流派,吴门医家中代表人物有赵良仁、王履、盛寅等医家。笔者通过总结医家的学术思想,梳理河间学派的传承脉络,认为吴门医家在丰富火热病机的证治；发展命门相火论；区别伤寒与温病、热病等方面取得重大成就。易水学派是以脏腑虚损病机及辨证为主要研究内容的学术流派,吴门医家中代表人物有葛应雷、葛乾孙、薛己、缪希雍、蒋示吉、沈颋等医家。笔者通过总结医家的学术思想,梳理易水学派的传承脉络,认为吴门医家在创滋补化源的温补学说；始创脾阴学说,补充脾胃理论学术；将脏腑辨证运用于临床各科等方面取得重大成就。温病学派是以疫病、温病等外感热病的证治为主要研究内容的学术流派,吴门医家中代表人物有吴有性、叶桂、薛雪、缪遵义、陈耕道、陆延珍等医家。笔者通过总结医家的学术思想,梳理温病学派的传承脉络,认为吴门医家在创立杂气病因说；开创温疫学说；创卫气营血辨证体系；确立温热学说等方面取得重大成就。笔者通过整理和研究,发现吴门医家学术思想主要体现在传承、交融、创新三个方面。