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畜禽舍内微生物气溶胶中含有大量的病原菌、病毒、真菌等对人体有害的微生物以及抗生素抗性基因;其可以通过空气将致病因子传出舍内并在外界环境中快速、广泛地传播;对人类和其他动物健康造成危害。目前;对不同畜禽舍内气溶胶中的菌群结构及抗生素污染情况差异性研究的报道较少。掌握不同畜禽舍内气溶胶中菌群结构特征及抗生素抗性基因污染情况;是有针对性的解决不同动物饲养场空气污染及疾病防控问题的重要前提。因此;本研究将以三种畜禽饲养场共计12个养殖舍（4个猪舍;4个鸡舍;4个牛舍）内空气样本为研究对象;利用传统培养法分析不同畜禽舍内气载需氧菌、气载真菌浓度及粒径分布情况;利用高通量测序技术分析不同畜禽舍内气溶胶样本中菌群结构特征、病原菌含量;利用普通PCR和qPCR技术分析不同畜禽舍气溶胶样本中抗生素抗性基因及整合子污染情况。 实验结果表明;鸡舍内微生物浓度较高;气载需氧菌浓度为 7.514×103 CFU/m3~2.313×104 CFU/m3;其次为猪舍和牛舍;分别为 8.621×103 CFU/m3~14.579×103 CFU/m3、1.805×103CFU/m3~3.243×103 CFU/m3。气载真菌浓度鸡舍内含量最高;为1.813×103 CFU/m3~7.550×103 CFU/m3;其次为猪舍和牛舍;分别为1.401×103 CFU/m3~5.441×103 CFU/m3、1.752×103 CFU/m3~2.367×103 CFU/m3。三种畜禽舍内气载需氧菌主要分布在Ⅰ~Ⅲ层级上;分别约占 79.85%（猪舍）、73.79%（鸡舍）、68.63%（牛舍）;空气动力学直径大于3.3 μm。而气载真菌分布情况各不相同;猪舍内气载真菌主要分布在Ⅰ层级;约占43.04%;其空气动力学直径大于 3.3 μm;鸡舍中主要分布在Ⅱ、Ⅲ层级上;约占总数的51.61%;其空气动力学直径3.3~7.0 μm;而在牛舍中;粒子主要分布在Ⅲ、Ⅴ层级上;约占52.52%;其空气动力学直径为1.1~4.7 μm。 通过高通量测序后共获得408996个有效Tags;通过注释及聚类分析共获得33个菌门和614个菌属。其中厚壁菌门（Firmicutes）、放线菌门（Actinobacteria）、变形菌门（Proteobacteria）以及拟杆菌门（Bacteroidetes）为主要优势菌门。粪杆菌属（ Faecalibacterium ）、链霉菌属（ Streptomyces ）、小单胞菌属（ Micromonospora ）为鸡舍内主要的优势菌属;梭状芽孢杆菌属（Clostridium_sensu_stricto_1）、乳酸菌（Lactobacillus）、Terrisporobacter为猪舍内主要优势菌属;疣微菌属（Ruminococcaceae）、不动杆菌属（Acinetobacter）、泛生菌属（Pantoea）为牛舍内主要的优势菌属;其相对丰度在不同畜禽舍内气溶胶样本中存在着明显的差异性。同时还发现不同畜禽舍内病原菌含量也存在一定的差异性;其中在猪舍气溶胶样本中病原菌含量最高;达到 19.53%;其次为牛舍达到 12.06%;鸡舍内含量最低为 4.22%。此外;畜禽舍内的悬浮颗粒浓度及有害气体浓度与气溶胶中微生物菌群多样之间存在明显的相关性。 通过普通PCR对畜禽舍内气溶胶样本中8种四环素类抗性基因及一类整合子进行定性分析;结果发现tetG、tetM、tetO、tetQ、tetW、tetZ 以及intI1在三种畜禽舍内均有检出;tetA只在鸡舍中检出;tetB只在猪舍中检出。通过qPCR技术对tetG、tetM、tetO、tetQ、tetW、tetZ 以及intI 1进行定量分析;结果发现其丰度在不同畜禽舍内存在着显著的差异性。四环素类抗性基因在猪舍内含量为7.52×102~1.75×106 copies/ng?DNA;牛舍内为1.11×103~2.02×105 copies/ng?DNA;鸡舍内为3.29×103~7.68×105 copies/ng?DNA。一类整合子（intI1）含量猪舍最高6.24×104 copies/ng?DNA;其次为鸡舍2.78×104 copies/ng?DNA;牛舍含量最低为1.30×104 copies/ng?DNA。 畜禽养殖舍内微生物气溶胶可作为一个病原菌及抗性基因的存储库。由于不同畜禽舍空气中病原菌浓度及抗性基因污染情况存在着显著的差异。因此;针对畜禽养殖类型的不同而采用不同的疾病防控手段以及环境控制手段来降低养殖环境对周围环境造成的污染具有十分重要的意义。