随着经济社会的发展，环境污染问题日趋严重。人们开始重新从经济、效率、公平、技术及管理等角度全面审视经济社会的发展，世界各国采取了各种环境管理手段来缓解环境问题。排污权交易是运用市场力量来保护环境的一项新的环境经济政策，该制度提出于20世纪70年代，现在已经在世界范围内被广泛采用，但排污权交易制度在国内的实施仍然存在某些突出的理论和实践问题。由于排污权交易制度在国内还是属于探索适应阶段，对于该制度的理论和应用研究显得尤为重要。 本文以污染物排放总量控制下的排污权交易制度为背景，以制度经济学和博弈理论和方法为研究工具，对排污权交易中的若干问题进行了一些理论分析和应用研究，研究目的是针对当前排污权交易制度实行过程中存在的有效性、激励性和寻租活动等方面的问题，提出一些新的解决方法和思路，对某些政策行为给出理论上的建议。 本文首先系统的介绍了总量控制下排污权交易制度的基本概念、国内外的研究现状，对排污权交易的理论基础及实践情况进行了分析，然后从排污权交易与其他环境管理制度比较分析、排污权交易与政府行为分析和我国排污权交易制度存在的问题等几方面对我国现行排污权交易制度进行了分析，接着从排污权交易市场机制优化、排污许可证制度的优化、排污权交易目标模型优化、排污权交易中寻租活动的博弈分析对我国排污权制度进行优化研究，最后对太湖流域排污权交易的实施进行了实例研究，提出了加快太湖流域排污权交易的政策建议。