随着技术创新速度的不断加快，研发投入对于以技术生存的高新技术企业来说至关重要，高新技术企业作为科技创新的代表，其核心竞争力就在于研发实力的强弱，完善而有效的企业研发机制能够使企业在市场中获得竞争优势。我国高新技术企业创新能力不强、研发投入不足，与国外同行业相比投入较低，企业从外部引进技术占很大比例。从公司的角度来看，研发投入决策依赖公司的决策，公司治理结构作为公司的一种运行制度，在一定程度上影响着企业研发投入的强度，要确保公司研发的顺利进行，首先必须从公司治理入手，完善公司治理结构。现在正处于经济转型时期，我国的大部分企业公司治理机制尚未健全，高新技术企业作为科技创新的代表，研究其公司治理结构与研发投入之间的关系，在当下是非常有现实意义的。本文以“西安市高新技术企业公司治理机制对企业研发投入的影响”为主要内容，从现代公司治理结构出发，阐述了研发投入理论和企业产权理论等相关基本理论，结合公司治理理论与研发投入的基本关系，从理论基础为高新技术企业公司治理结构和研发投入作了理论铺垫。在此基础上，通过对西安地区高新技术企业研发情况调查数据进行收集，并应用统计学方法和计量经济学实证分析，从实际层面系统的概括了西安市高新技术企业公司治理机制对企业研发投入的影响，同时，探讨分析了西安市高新技术企业创新环境对研发投入的影响。结果表明，西安市高新技术企业的公司治理结构对研发投入有显著影响，而国有产权对研发投入则有负面影响；同时，从股权角度分析，第一大股东持股比例与研发投入相关性较强，呈倒U型；高新技术企业中，独立董事、两职合一与研发投入也呈正相关关系，这些均会促进研发投入；公司高管的平均年薪对高新技术企业的研发投入有显著正面的影响，但其平均持股比例对研发投入的影响并不显著。通过理论研究和结合实际情况的实证分析，本文对西安高新技术企业存在的公司治理机制对研发投入影响的问题提出相应的对策：通过降低国有股比例，在公司股权结构上保持一定的股权集中度；公司内部完善董事会结构，更好的发挥董事会职能，加大董事会对研发投入的监管；另外，对经营者采用监督和激励并存的政策，通过股权激励将经营者的利益与公司长远利益结合。