利用SSR标记和大配子体构建马尾松遗传图谱

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本文以160粒马尾松胚乳为作图材料,利用235对SSR引物,构建了马尾松的遗传连锁框架图谱,主要研究成果如下:1、通过比较CTAB和SDS两种方法,发现SDS法比较适合马尾松胚乳DNA提取。2、确定了适合马尾松胚乳的最佳SSR反应体系:10μL反应体系中,模板DNA为15ng,引物浓度为0.1μM,dNTP浓度为0.3mM,Mg2+浓度为2.0mM,Taq酶浓度为1.0U。扩增程序为:94℃,4min;94℃,30s;Tm-5℃,15s;72℃,30s;,40cycles;72℃延伸30min;4℃保温。扩增产物在8%PAGE胶上分离检测,银染法显带。试验证明扩增效果好,条带丰富,稳定性强,重复性好。3、利用筛选出的多态SSR引物30对,对160个胚乳个体进行检测,获得分离位点97个,平均1.62位点/引物。4、连锁图谱构建用FsLinkageMap2.0软件。通过对86个标记的连锁关系进行分析,获得一张包含74个标记、11个连锁群的马尾松连锁图谱。该图谱总图距长度为927.91cM,最大连锁群为359.89cM,包含18个标记,最小连锁群为20.44cM,包含2个标记;标记最大间距为29.2cM,最小间距为0cM,标记平均间距12.54cM。估算的马尾松基因组的大小为2541.21cM,基因组覆盖度为36.5%。
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