狂犬病是由狂犬病病毒引起的一种高致死性的人兽共患传染性疾病,可以通过暴露前后接种疫苗的方式进行有效的预防,但是一旦发病几乎100%死亡。虽然在狂犬病病毒的分子生物学特征及致病机制等方面取得了巨大的进展,但是狂犬病发病后不可治愈的问题仍然没有得到解决。近年来随着高通量测序技术和基因组学的巨大发展,长链非编码RNA（long non-codingRNAs,lncRNAs）成了研究的热点,越来越多的研究表明lncRNA在病毒感染过程中发挥着重要的作用。本研究的目的是通过RNA测序探究狂犬病病毒固定毒PM株感染人源细胞后lncRNA及mRNA表达谱的变化并预测其功能,为后续狂犬病病毒致病机制的研究提供方向。本研究选择人源A549细胞为PM株感染的宿主,感染复数MOI=1、感染48h后提取总RNA,送服务公司进行RNA质量检测、建库、高通量测序及后续分析工作,设立实验组和对照组各3个独立重复实验,共6个样品进行转录本的验证。对原始下机数据进行过滤和数据质量分析,结果显示测序质量很高,符合要求。对高质量的过滤数据进行转录本的拼接,然后根据转录本与参考基因组的比对情况,将转录本分为mRNA、known lncRNA及其他未知转录本三类。对mRNA和known lncRNA直接进行后续的表达量分析及差异基因的功能分析;对其他未知转录本则先根据一些lncRNA的基本条件筛选,然后再利用4种编码潜能分析软件进行分析,最后6个样品共得到16284种新的lncRNA（Novel lncRNA）。样品表达量聚类分析结果显示,PM株感染组和PBS对照组相比mRNA和lncRNA表达谱都发生了明显的变化。差异表达mRNA和lncRNA的GO和KEGG功能分析显示,差异表达mRNA富集的生物学过程有1000种以上,富集的通路有80条;差异表达lncRNA富集的生物学过程有2000种以上,富集的通路有170条,表明PM株感染诱导的lncRNA表达谱的变化远高于mRNA表达谱的变化。但是差异表达lncRNA和mRNA富集的生物学进程是一致的,主要包括细胞进程、发育过程、细胞分化、信号调节过程、能量代谢、糖代谢、疾病过程和免疫防御等。功能分析显示,虽然PM株感染引发的宿主细胞功能变化是非常广泛的,但这些变化具有不均一性,是更加侧重于细胞免疫、炎症反应、自噬及凋亡等抗病毒反应相关的生物学功能。最后我们从差异表达lncRNA中选择了4个显著上调的和4个显著下调的进行qRT-PCR验证,结果与测序结果一致,证明了高通量测序的准确性。本研究显示狂犬病病毒PM株感染使A549细胞的lncRNA及mRNA的表达谱发生了显著的变化,表明PM株的感染使人类细胞的生物学功能发生了广泛的改变。虽然功能分析显示宿主细胞的生物学过程在各方面都发生了变化,但在细胞免疫、炎症反应、自噬及凋亡等抗病毒反应相关的生物学功能的变化尤为突出。本研究得到的PM株感染的宿主细胞的lncRNA的表达谱,揭示了狂犬病毒感染细胞的过程中lncRNA调控狂犬病病毒的感染及狂犬病病毒逃逸宿主免疫过程中的调控机制,为进一步预防和治疗狂犬病奠定基础。