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普通野生稻(Oryza rufipogon)和尼瓦拉野生稻(Oryza nivara)是水稻的野生近缘种,蕴藏着许多水稻不具备的优异基因,是水稻育种的重要基因库。野生稻长期处于野生状态,遗传背景相对复杂,目前对它们的遗传结构和交配系统仍然不甚明确。因此,本研究利用12对SSR标记对12个O.rufipogon群体和4个O.nivara群体的遗传结构及其交配系统进行研究,得到以下结果:1.O.rufipogon的遗传多样性明显高于O.nivara。其中,O.rufipogon的有效等位基因数Ae为1.9976,而O.nivara的Ae为1.5212;O.rufipogon的观察杂合度Ho和期望杂合度He分别为0.5919和0.5049,而O.nivara的Ho和He的值仅为0.0338和0.2638。2.系统发育分析表明O.rufipogon和O.nivara之间具有明显不同的遗传结构。O.nivara各居群聚为一类;在O.rufipogon物种中,武宣居群(WX)、福绵居群(FM)、茶陵居群(CL)聚在一起,其他居群没有明显的分类。越南居群(VT02)和柬埔寨居群(KHM14)与中国普通野生稻关系较近,尼泊尔居群(NEP09)与中国普通野生稻关系较远,说明中国与东南亚的普通野生稻亲缘关系较近。3.O.rufipogon和O.nivara均属于混合交配系统,但O.rufipogon是混合交配为主,而O.nivara以自交为主。O.rufipogon和O.nivara的多位点异交率tm值范围分别是0.286-0.660和0.128-0.354,单位点异交率ts值范围分别是0.142-0.567和0.102-0.241。大多O.rufipogon居群存在杂合体过剩,纯合子不足的现象,而O.nivara居群中存在纯合体过剩,杂合子不足的现象,两个种内大部分群体存在亚结构。4.本研究结果表明野生稻遗传多样性参数与交配系统参数具有一定的关系。观察杂合度很低、固定指数很高的野生稻居群异交率较低,交配系统以自交为主;观察杂合度较高、固定指数较低的野生稻居群异交率较高,交配系统则以混合交配为主。5.植物的交配系统通过基因流而影响到群体的遗传结构。异交率较高的O.rufipogon,种内基因流比较大,种内差异较小;而异交率比较低的O.nivara,种内基因流比较小,种内差异比较大。本研究通过对两种野生稻比较分析,发现两个物种的交配系统存在显著差异,遗传因素是影响两个物种交配系统的重要因素,但不是影响交配系统的唯一因素。通过上述结论,可为野生稻资源保护及杂交稻育种提供参考依据。