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核果类果树包括桃、李、梅、杏、樱桃等,在我国和世界果树生产中占有重要地位。果梅原产于中国,是南方重要的出口创汇树种之一。本研究利用正交设计优化了果梅SSR反应体系。对来自果梅上的核微卫星引物和叶绿体微卫星引物在核果类果树中进行了通用性分析,并利用nSSR引物和cpSSR引物对果梅品种进行了遗传多样性分析。1、为建立适宜果梅的SSR反应体系,以果梅品种‘红农’为材料,利用正交设计对Mg2+、Taq酶、引物、模板DNA和dNTPs等5种因素4个水平进行筛选和优化。结果表明:20μL反应体系中,Mg2+、引物和dNTPs的最适浓度为1.875 mmol·L-1、0.375μmol·L-1、0.125mmol·L-1,Taq酶宜加入0.75U,模板DNA应加入15～30 ng;引物D07的最佳退火温度为50.0℃。2、用来自果梅的17对nSSR引物和13对cpSSR引物,对核果类桃、李、梅、杏、樱桃5个树种的24个品种进行了PCR扩增,有13对nSSR引物和13对cpSSR引物得到多态性扩增,分别占所用引物的76.5%和100%,平均PIC值分别为0.591和0.654,有9对nSSR和11对cpSSR引物呈现高多态性,可以直接作为核果类基因组学和遗传育种的研究的有效分子标记,可见果梅SSR引物在核果类果树上具有较好的通用性。3、利用9对nSSR和9对cpSSR引物对29个果梅品种进行了遗传多样性分析,一共扩增出93个位点,平均每对引物扩增出5.2个位点,扩增条带的多态性百分率在83.3%～100%之间。根据SSR分析结果,应用NTSYS软件进行相似性系数计算,利用UPGMA法构建聚类树状图。其结果表明,供试果梅品种分为3个类群,多数来源地相近、类别相同的种质表现出较为密切的亲缘关系。