随着经济金融全球化的发展以及我国银行业对外开放和融入国际社会程度的进一步加深,中国金融业正处在一个关键的时刻,我国商业银行面临的是一个既充满诱惑又充满竞争,既充满机遇又充满挑战的外部环境,抓住我国金融市场改革开放的机遇,加快自身改革进程,提高银行效率,是我国商业银行的必然选择。而对银行的效率进行有效地评价,且通过评价挖掘银行效率低下的根源是管理决策的一个重要环节。传统用于评价相对效率的数据包络分析(DEA)忽略了决策单元内部子过程间的相互作用,因而并不能对银行的内部结构和内在纯技术效率加以分析。随着经济的发展,管理实践对银行效率评价提出了更高的要求,深入到银行内部并找出低效症结所在的呼声越来越高,这就要求我们找到新的方法来打开这个黑箱,为管理实践提供更加有参考价值的效率评价结果。本文在规模报酬可变的假设条件下,根据DEA方法及原理,从决策者选择偏好角度构建了链形系统的关联两阶段DEA模型,并分析这模型的应用优势。结合银行效率研究现状及我国商业银行的特点,将银行运营过程分为存款活动和投资活动两个过程,并选取了固定资产、员工人数、营业费用为投入变量;存款及短期资金、同业存放为中间变量;净利息收入、其他业务收入不良贷款率为产出变量。根据三种选择偏好的模型,运用MATLAB6.5分别测度了2003-2007年我国14家大型商业银行和城市商业银行在整个系统及其每个子过程的纯技术效率,通过比较分析,找出各个银行运营无效率的内在原因。最后采用回归模型研究不同的因素与效率的相关性及影响程度,根据分析结果提出了提升中国商业银行效率的相关政策建议和管理措施。