西南高山峡谷区为“三江并流”的重要组成部分,是温带和热带的交汇点,是全球生物多样性最丰富的地区之一。近几十年来由于人口和经济的快速增长,加大了对该区自然资源的掠夺和开发,使得该区生境破碎,物种及物种栖息地丧失,对生物多样性产生威胁。保护和修复日益遭受人类破坏的脆弱森林生态系统,确保该地区生物多样性资源的有效和持续性利用具有重要意义。本研究基于生物多样性和环境多样性多源数据,在此基础上1)采用修订的APG III(The Angiosperm Phylogeny Group)分类系统对物种的科进行确定,进一步利用计算机软件进行统计和数据分析,分析西南高山峡谷区物种多样性现状;2)研究了物种的时空分布格局及其基本特征,探讨了自然环境、人类活动对生物多样性分布的影响;3)利用PSR环境系统评价模型和层次分析方法,定量评估了高山峡谷地区生物多样性的水平状态,对该地区生物多样性进行评价,从而划分重点保护区域。主要结论如下:(1)西南高山峡谷区物种目前分布状况是珍稀濒危物种较多、植物区系古老以及植物物种分化强烈。随着海拔的升高,热带和亚热带植物物种分布成分所占的比例呈逐渐减少的趋势,而温带植物物种分布所占比例呈上升的趋势。但是热带性质的植物分布海拔较高。(2)西南高山峡谷区森林生态系统垂直自然带具有显著的地区分异特征,特有种沿海拔呈“单峰模式”的分布特征,峰值出现在中海拔且特有种最适海拔分布范围较窄,潜在受威胁程度高。特有植物类群的属间差异较大,不同的物种特有率沿海拔分布模式不同,特有率最大值出现在不同的海拔范围内。(3)近30年来,西南高山峡谷区不同生境类型生物数量变化存在差异。高山草甸中兽类数量明显增加,半湿润常绿阔叶林中鸟类物种分布数量明显增加,动物物种的分布范围呈现沿海拔梯度向上迁移的变化趋势,高海拔生境类型中物种数量增加。而植物物种在热带性质和温带性质分别占总科数的比例由1986年的43.75%和26.56%变化为2008年的40.26%和24.68%,近20年来该地区分布的植物类型数量减少以及各植物区系总科数明显减少。(4)特有植物分布受到气候因子影响较大。气候因子中的年均降雨、年均气温、湿润指数与特有种数量均存在极显著(P<0.01)的正相关关系,与≥10℃积温具有复杂的关系,当积温小于某一值时二者为正相关关系,反之则为负相关关系。(5)西南高山峡谷区生物多样性受农业经济活动、工业化和城市化影响显著。工业化和城市化是导致耕地面积减少的主要因素,城镇面积的增加和耕地面积的减少都对农业种植产生了显著的负面影响。随着耕地的开发利用增加,使物种能够占据的面积减小,导致物种减少,并将种群和物种分割成小而孤立的斑块。生境的破坏造成了物种垂直分布峰值的上移。(6)基于生物多样性评价分析,西南高山峡谷区从中部地区往南北两侧保护优先度等级逐渐减低。中部地区的贡山独龙族怒族自治县、德钦县和泸定县等保护优先度等级为一级,生物多样性指数较高。物种保护优先度等级为二级的主要围绕在研究区中部周围,分布相对较为分散;保护优先度等级为三级的地区主要分布在西南高山峡谷区南部地区的云南省境内;西南高山峡谷区植物保护优先度等级为四级的地区相对分布较少,主要在中部地区以北,面积相对于其他四种保护优先度等级为最小。本研究可为西南高山峡谷区生物多样性保护提供理论依据。