金针菇单核菌株与双核菌株间CAZymes表达差异分析

来源 :福建农林大学 | 被引量 : 1次 | 上传用户:kassilw
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本研究基于I11unina/So1exa下一代测序技术所产生的基因组数据,来研究金针菇基因组内碳水化合物活性酶家族(Carbohydrate-Active Enzyme,CAZymes),并分析比较了金针菇与其他16种木腐真菌基因组内的CAZymes家族分布及数量情况。此外,基于转录组数据,我们对金针菇单核菌株(L11和W23)和双核菌株(1123,两个单核菌株的杂交菌株)CAZymes编码基因的转录水平进行了分析。最后,我们分析了金针菇三个菌株在11种诱导物(作为碳源)的条件下所产生的主要基质降解酶(纤维素酶、半纤维素酶和木质素酶)的酶活性。金针菇基因组数据通过注释后得到了 552个CAZymes编码基因。其中,223个基因编码糖苷水解酶家族(GH)、106个基因编码糖酯酶家族(CE)、81个基因编码糖基转移酶家族(GT)、21个基因编码多糖裂解酶家族(PL)、80个基因编码辅助活性家族(AA)和41个基因编码碳水化合物结合结构域家族(CBM)。并且发现,金针菇基因组内CAZymes家族规模大于其他大多数的木腐真菌,同时,GHs、CEs、PLs和AAs家族的编码基因数量也都分别高于其平均值。通过聚类分析发现,金针菇中纤维素降解酶类含量很高,仅次于P.Chrysosporium和C putasna;果胶降解酶类在所分析的17种木腐真菌中含量最高,其次是P.strigosozonata和S.commune。同时还发现金针菇基因组内富含降解木质素的辅助活性家族AA3和AA7,降解果胶的糖苷水解酶GH105及多糖裂解酶PL1和PL3,降解半纤维素和果胶的糖苷水解酶GH43及降解淀粉的糖苷水解酶GH13。利用金针菇单核菌株L11和W23及双核菌株1123的转录组数据,本研究还分析了三个菌株的CAZymes编码基因的差异表达情况。结果发现,三个菌株1123、L11和W23分别检测到的表达基因为10094、9849和9432个,而表达基因的总数为10629个。其中,在这三个菌株中,有9136个基因共表达,仅有少数基因分别在金针菇三个菌株中特异表达。分析比较三个菌株间CAZymes差异表达的情况,结果显示,共有333个CAZymes编码基因在至少一个菌株内表达。与单核菌株L11/W23相比,双核菌株1123上调表达的CAZymes编码基因要高于下调表达的CAZymes编码基因。此外,本研究主要筛选了 11种作为唯一碳源的诱导物对金针菇三个菌株进行诱导,以分析金针菇单核菌株和双核菌株在不同的基质下的降解能力的差异。结果显示,在诱导物Avice1,纤维素粉和稻草的诱导下,双核菌株产纤维素酶(滤纸总酶和内切葡聚糖酶)的能力要高于两个单核菌株;其余诱导物诱导双核菌株产生的纤维素酶活力与单核菌株L11/W23相近;分析诱导物对金针菇三个菌株产β-葡萄糖苷酶和木聚糖酶的影响,与诱导前的酶活力相比,发现各种诱导物的诱导趋势大致相同;通过三个菌株产漆酶的结果发现,仅5种诱导物(微晶纤维素,Avice1,滤纸,稻草和木屑)检测到了漆酶,并且其趋势一致,即双核菌株产漆酶的能力高于两个单核菌株;而其余诱导物均未检测到漆酶的产生,并且在各诱导物诱导前也未检测到漆酶。本研究首次利用转录组数据和酶活性的检测来研究金针菇单核菌株和双核菌株在不同的碳源的诱导条件下产主要基质降解酶的差异,这为以后改良或提高金针菇基质降解能力提供了依据,并且为研究金针菇基质降解能力和提高金针菇的生物转化率奠定理论基础。
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