随着我国社会经济取得飞速发展,各项发展稳步推进,特别是科技发展对于我国可持续经济的发展建设作用日益增强,而高新技术企业更是国家实现创新发展的助推器。申报高新技术资质认定的高新技术企业获取高新技术企业资格,成为各地科技部门落实创新驱动战略、实现创新驱动发展的重要一环。然而在实务过程中,由于高新技术企业的特殊性和行业优惠政策的吸引作用,申请高新技术企业资格认定的企业逐年递增,各种“伪高新技术企业”也想从中分一杯羹,从而导致了如今的注册会计师对高新技术企业认定所承担的审计风险明显高于其他行业。另一方面,我国的审计主要集中在一般的年报审计和政府审计等领域,但是对于高新技术企业认定方面的审计却涉及较少。所以,这对注册会计师提出了更高的要求和目标,即注册会计师需要提高能力水平和业务素质,更好的去识别特定的审计风险,特别是对于高新技术企业认定审计,要加深对于行业发展的了解,政策的掌握程度,更好地识别审计风险做好应对工作,从而完成审计的目标。为了更好的应对高新技术企业认定过程中的审计风险,本文运用文献研究法、实际调查法和案例分析法,总结国内外高新技术企业审计风险研究现状并结合有限理性理论和审计风险模型,认真分析了高新技术企业的行业特点,并且站在事务所的角度,合理的评估企业的审计风险。之后,本文列举了实际的案例,以H事务所对T公司进行高新技术企业认定审计为例,对于事务所H在审计过程的内容、在审计中遇到的审计风险、应对措施做了具体阐述,并且指出了H事务所在案例中做得不足的地方,最后本文对于高新技术企业认定给出了相应的建议:了解申报企业及其环境,建立高新技术专项审计人才队伍,优化审计程序、审计流程和方法,完善存货和无形资产的认定过程和关注重点环节的内部控制情况。最后总结案例,说明特定风险领域以及在高新技术行业中采取的应对措施仍然是审计师的优先事项。本文不仅丰富了高新技术企业认定专项审计的具体内容和方法,更是从一定程度上提升了审计师参与高企认定审计的实战水平,并且提出大数据审计和区块链审计,创新发展了审计方法,最后对于完善高新技术企业专项审计提出了自己的建议,有利于进行高新技术企业认定审计活动的开展。