棉纺织业因其特殊地位备受国民政府重视,战争爆发后,国民政府即成立农产促进委员会对沦陷区棉花进行收购。1938年国民政府迁往大后方后,即开始了对棉纺织业的管制。依时局的变化,国民政府对花纱布的管制过程历经市场调剂、部分管制、全面管制三个阶段。1937-1940年主要靠农本局福生庄收购纱布,在供需较少,市价过高时投放到市场,起平抑调剂之效;1940-1941年,通过平价购销处对重庆棉纱市场进行行政管理,严格规范棉纱市场交易秩序、对纱价作出限制;1942年-1945年,国民政府把对棉纺织业的产供销纳入管制,至此进入到棉纺织业的全面管制阶段。棉业管制过程牵扯到复杂的人事矛盾、官商矛盾。其中因经济部和财政部对棉业管制事权的争夺,翁文灏和孔祥熙矛盾较大,隶属于二者势力范围的物资局局长何浩若和农本局总经理穆藕初在关于陕棉征购事中矛盾公开化,双方因陕棉征购日期、价格意见不合,不自觉地卷入孔祥熙和翁文灏的斗争中。人事纠纷的结果导致了农本局总经理的停职处分和物资局的被裁撤;此外,商人与政府管制行为亦有颇多互动,“四大纱厂”作为行业中的托拉斯企业,垄断市场,对花纱布市场有决定之影响力。他们表面上顺应政府命令,争取讨价还价的空间,暗地却联合同业进行囤积原棉、黑市交易的活动,助长了后方纱价的上涨。为了平衡生产和供应的关系,政府在实施部分管制行为时,对他们谨慎对待,积极考虑他们的诉求。当后方经济形势发生变化,政府全面收紧政策,从谋财政收入的角度出发,对他们的需求和生存几乎不考虑,使得商人的利益受到很大影响。国民政府实行的棉业统制政策不自觉地受战争形势的影响,自国民政府迁都到太平洋战争爆发前,后方经济处于相对比较稳定的状态,在此阶段,国民政府对战时花纱布的管制类似于承平时期苏德经济的统制经济模式,对私营经济进行领导,一切以保障生产为前提,谋纺织业长久平稳之发展,民营纺织企业有相对自由的发展空间。太平洋战争爆发,使得后方经济形势发生动荡,为集中资本服务于战事,国民政府统管花纱布产购销事宜,杜绝私人经济市场活动的空间。但是政府全面管制后,没有顺应市场规律,所定的价格、工缴、利润较低,严重影响了商人、农民的积极性,造成后方花纱布产量减产,棉纺织业衰败情形。