在世界经济迅猛发展的今天,经济全球化与区域经济一体化已经成为了当今世界经济发展的两大潮流。WTO与区域贸易组织在促进全球经济发展与贸易自由化方面已呈现出齐头并进之势。他们以其自身创设的机构与程序在促进国际贸易自由化,维护公平贸易方面起到了不可替代的作用,尤其是其中的争端解决机制。然而由于他们制度本身的差异与不协调,直接导致了两者之间的冲突,因此如何协调WTO与区域贸易组织之间的冲突使得WTO与区域贸易组织在各自的领域内更好的发挥作用,已成为学者们关切的问题。本文从WTO争端解决机制与区域贸易组织争端解决机制管辖权冲突角度切入,在分析了两者管辖权冲突产生的原因与后果的基础上,对协调两者管辖权冲突从传统国际私法领域、区域贸易协定本身的管辖权条款和条约冲突解决三个角度做了详细的分析。最后对我国今后如何应对这种管辖权冲突提出了一些建议。