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猪圆环病毒2型（Porcine circovirus type2, PCV2）是引起断奶仔猪多系统衰竭综合征、皮炎与肾病综合征等相关疾病的重要病原体之一。猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine reproductive and respiratory syndrome virus, PRRSV）能导致怀孕母猪流产、仔猪严重呼吸症状及死亡。因此，PCV2和PRRSV是影响养猪业发展的两大病原体。目前，养猪场内PCV2和PRRSV混合感染的情况越来越普遍，临床上混合感染猪只临床症状包括严重的呼吸症状、流产和极度虚弱等，且常继发严重的病毒性或细菌性疾病，导致严重的经济损失。因此，PCV2和 PRRSV的混合感染的流行病学调查及两种病毒的遗传进化分析对于综合防控猪场疾病具有重要意义。 为了解PCV2和PRRSV在中国猪场的混合感染及流行情况，本实验自2013-2015年对吉林、辽宁、黑龙江、山西、山东、广东6省进行PCV2和PRRSV分子流行病学调查，采集了192份样品进行检测，PCV2阳性率为64.3％，PRRSV阳性率为23.4%，29份样品为混合感染，阳性率达18.5%。猪群中PCV2和PRRSV的感染比较普遍，混合感染率也较高，加重了疫病防控的难度。 采集自不同地区的12个阳性样品进行PCV2全基因组扩增测序及遗传进化分析发现，12个PCV2序列分别属于PCV2b和PCV2d基因型。其中8个测序序列SX-Z1、SX-Z3、YQ、JL、SY-M-X3、SY-L-3、SY-L-X6和SP-2单独形成一个位于PCV2d-1和PCV2d-2之间的单系群，3个测序序列SY-Z-4、ZD-1和 ZD-7与只在丹麦流行的 PCV2c基因型毒株同源性高，分析发现是 PCV2c和PCV2b基因型间毒株的重组毒。PCV2毒株迁移进化分析预测有PCV2毒株从丹麦迁移至中国。 采集自不同地区的12个PRRSV阳性样品中PRRSV ORF5、ORF7、部分Nsp2基因测序分析发现，所有毒株均属于美洲型；12个测序序列在GP5和N蛋白的重要基序上均有关键氨基酸的突变；8个序列 SDdz-2013-1、SDta-2013-1、SDly-2013-1/2/3/4、SDly-2014-1和 SXkl-2014-1与HP-PRRSV一样在Nsp2上的第481位和第533-561位氨基酸有30个氨基酸的不连续缺失；2个序列HLYyq-2015-1和LNsy-2014-2在Nsp2上出现新型缺失即第593-595位氨基酸缺失；1个序列SDly-2014-1与NADC-30毒株ORF7基因相似度高。同时，分离2株PRRSV毒株，命名为LNsy-2014-1和 HLJyq-2015-1，接种细胞后细胞出现变圆、聚堆典型病变，RT-PCR和间接免疫荧光鉴定均为阳性，遗传进化分析均为北美洲型且分别与经典毒株JXA1和VR2332相似度最高。