大刺鳅Mastacembelus armatus(Lacepède，1800)隶属于硬骨鱼纲（Osteichthyes）合鳃目（Symbranchiformes）刺鳅科(Mastacembelidae)，是在东南亚和中国长江以南地区广泛分布的淡水鱼类，是区域生物地理研究的理想材料。　　本文对采自中国南部地区14条水系的大刺鳅样本进行了COI基因、D-loop基因和联合基因序列的分析，研究了大刺鳅不同种群的遗传变异和亲缘地理关系，并结合地质历史事件，探讨大刺鳅亲缘地理格局形成的过程和机制，对已有研究进行了比较和补充。主要结果和结论如下:　　1.获得来自14条水系142条大刺鳅的COI和D-loop联合基因序列，全长2180bp，其中有285个变异位点，50个单倍型，单倍型多样性（h）为0.948，核苷酸多样性（π）为0.02084，表现出丰富的遗传多样性和较高的进化潜力。　　2.基于COI基因、D-loop基因以及联合基因构建的分子系统发育树均表明，中国南部地区14条水系大刺鳅种群分为2大支（A支和B支）。其中A支包括A1、A2、A3三个小支，A1支由韩江、东江、钦江、南流江、峒中河、防城河、昌化江、元江种群的全部单倍型和北江种群的部分单倍型构成，A2支由西江种群的全部单倍型和北江种群的部分单倍型构成，A3支由鉴江、南渡河、万泉河种群的全部单倍型构成。B支包括澜沧江种群的全部单倍型。B支（澜沧江种群）与A支（其它13条水系种群）的遗传距离(0.103-0.107)、碱基差异率(10.430％-10.750％)、Fst值(0.962-0.999)很大，Nm值(0.001-0.007)很小，表明澜沧江种群已分化成在遗传上较为独立的一个群体。　　3.根据单倍型网络图推测，西江可能是中国南部地区大刺鳅的扩散中心，扩散路线有以下几条:(1)向华南西部沿海独流入海水系（防城河、峒中河、南流江和钦江）扩散，再到达元江和昌化江;(2)向海南岛的南渡河、万泉河扩散之后，再向鉴江扩散;(3)向北江、东江和韩江扩散。　　4.根据鱼类区系组成，将中国南部地区大刺鳅分为3个地理区:海南岛地区、云南地区和其它地区。AMOVA分析表明，地理区间的变异仅37.76％，地理区内不同种群间的变异占58.53％，种群内的变异占3.72％，表明分子遗传变异主要来自于地理区内不同种群间。　　5.大刺鳅种群在错配分布图上呈多峰分布，整个种群和各水系种群的TajimaD和Fu and Lis D均不呈显著的负值，且单倍型网络图没有呈现星状散射，这表明大刺鳅种群在历史上没有发生过种群扩张，种群大小保持相对的稳定。　　6.基于COI和D-loop基因的结果与王方(2012)基于Ctyb基因的结果具有较高的一致性。因此，对于大刺鳅而言，在进行种群遗传与亲缘地理研究时，采用Ctyb、COI和D-loop基因都是适宜的。